FUT2 genotype and secretory status are not associated with fecal microbial composition and inferred function in healthy subjects
Notice bibliographique
Résumé
Heritability analysis of the microbiota has demonstrated the importance of host genotype in defining the human microbiota. The alpha (1,2)-fucosyltransferase 2 encoded by FUT2 is involved in the formation of the H antigen and the SNP, rs601338 is associated with ABO histo-blood group antigen secretion in the intestinal mucosa. Previous studies have provided non replicated results for the association of this polymorphism with the composition and inferred function of intestinal microbiota. We aimed to assess this relationship in a large cohort of 1,190 healthy individuals. Genotyping was performed using the HumanCoreEXOME chip, microbial composition was addressed by 16S rRNA gene sequencing. Firmicutes, Bacteroidetes, and Actinobacteria were the dominant phyla in this cohort. Although we have sufficient power to detect significant associations of FUT2 genotype/ inferred phenotype with the microbiota, our data demonstrate that FUT2 genotype and secretor status is not associated with microbial alpha diversity, microbial composition or inferred microbial function after correction for multiple testing. Thus, FUT2 genotype and inferred phenotype are not associated with human fecal microbial composition and imputed function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».