Agreement in DNA methylation levels from the Illumina 450K array across batches, tissues, and time
Notice bibliographique
Résumé
Epigenome-wide association studies (EWAS) have focused primarily on DNA methylation as a chemically stable and functional epigenetic modification. However, the stability and accuracy of the measurement of methylation in different tissues and extraction types is still being actively studied, and the longitudinal stability of DNA methylation in commonly studied peripheral tissues is of great interest. Here, we used data from two studies, three tissue types, and multiple time points to assess the stability of DNA methylation measured with the Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChip array. Redundancy analysis enabled visual assessment of agreement of replicate samples overall and showed good agreement after removing effects of tissue type, age, and sex. At the probe level, analysis of variance contrasts separating technical and biological replicates clearly showed better agreement between technical replicates versus longitudinal samples, and suggested increased stability for buccal cells versus blood or blood spots. Intraclass correlations (ICCs) demonstrated that inter-individual variability is of similar magnitude to within-sample variability at many probes; however, as inter-individual variability increased, so did ICC. Furthermore, we were able to demonstrate decreasing agreement in methylation levels with time, despite a maximal sampling interval of only 576 days. Finally, at 6 popular candidate genes, there was a large range of stability across probes. Our findings highlight important sources of technical and biological variation in DNA methylation across different tissues over time. These data will help to inform longitudinal sampling strategies of future EWAS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,012 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».