SbnI is a free serine kinase that generates -phospho-l-serine for staphyloferrin B biosynthesis in
Notice bibliographique
Résumé
Staphyloferrin B (SB) is an iron-chelating siderophore produced by Staphylococcus aureus in invasive infections. Proteins for SB biosynthesis and export are encoded by the sbnABCDEFGHI gene cluster, in which SbnI, a member of the ParB/Srx superfamily, acts as a heme-dependent transcriptional regulator of the sbn locus. However, no structural or functional information about SbnI is available. Here, a crystal structure of SbnI revealed striking structural similarity to an ADP-dependent free serine kinase, SerK, from the archaea Thermococcus kodakarensis . We found that features of the active sites are conserved, and biochemical assays and 31 P NMR and HPLC analyses indicated that SbnI is also a free serine kinase but uses ATP rather than ADP as phosphate donor to generate the SB precursor O -phospho-l-serine (OPS). SbnI consists of two domains, and elevated B -factors in domain II were consistent with the open–close reaction mechanism previously reported for SerK. Mutagenesis of Glu 20 and Asp 58 in SbnI disclosed that they are required for kinase activity. The only known OPS source in bacteria is through the phosphoserine aminotransferase activity of SerC within the serine biosynthesis pathway, and we demonstrate that an S. aureus serC mutant is a serine auxotroph, consistent with a function in l-serine biosynthesis. However, the serC mutant strain could produce SB when provided l-serine, suggesting that SbnI produces OPS for SB biosynthesis in vivo . These findings indicate that besides transcriptionally regulating the sbn locus, SbnI also has an enzymatic role in the SB biosynthetic pathway.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».