A13 WHOLE EXOME SEQUENCING OF OVER 1000 PEDIATRIC IBD PATIENTS FROM A SINGLE CENTRE IDENTIFIES MONOGENIC FORMS OF IBD.
Notice bibliographique
Résumé
Inflammatory bowel disease (IBD) has a multifactorial aetiology, with complex interactions between genetic and environmental factors. Recent studies suggest an increasing spectrum of monogenic disease in the very young. The prevalence of these mutations in older children is unknown. To determine the incidence of monogenic forms of IBD in a typical cohort of pediatric IBD patients and identify any phenotypic characteristics suggestive of a monogenic cause. 2,431 unique participants underwent whole exome sequencing (WES), including 1,098 IBD probands. This data was interrogated for a panel of 51 genes known to be associated with monogenic IBD. The Genome Analysis Toolkit (GATK) was used to identify highly penetrant rare variants of interest. Sanger sequencing verified variant genotypes. A clinical database was reviewed to ascertain phenotypic characteristics. A single centre retrospective study identified 1,098 index cases, diagnosed over a 12 year period (2003–2015) who underwent WES. 2431 unique participants (302 trios, 31 quads, 29 affected siblings). Of sequenced affected cases, 60% CD, 40% UC/IBD-U. 16% < 6.9 years, 22% 7–10.9 years, 62% > 11 years. Across the 51 genes, 19 protein coding variants predicted to be deleterious were identified in 54 patients, which were high quality and rare (maf <0.01). XIAP, DOCK8 and CYBB were the most commonly identified gene variants within the cohort. Overall, approximately 4.9% of patients in a typical cohort of Pediatric IBD patients were found to have monogenic disease. WES of this largest pediatric cohort to date confirms the highly varied phenotypic spectrum of IBD associated with monogenic disease. Whilst many children with causal VEOIBD mutations were diagnosed < 1 year of age, a significant number of older children were identified. Characterising genotypic-phenotypic features may provoke earlier recognition which will allow novel therapeutic approaches in this paediatric IBD population. None
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».