Differential Expression Profiling of Microspores During the Early Stages of Isolated Microspore Culture Using the Responsive Barley Cultivar Gobernadora
Notice bibliographique
Résumé
Abstract In barley, it is possible to induce embryogenesis in the haploid and uninucleate microspore to obtain a diploid plant that is perfectly homozygous. To change developmental fates in this fashion, microspores need to engage in cellular de-differentiation, interrupting the pollen formation, and restore totipotency prior to engaging in embryogenesis. In this work, we used the barley cultivar Gobernadora to characterize the transcriptome of microspores prior to (day 0) and immediately after (days 2 and 5) the application of a stress pretreatment. A deep RNA-seq analysis revealed that microspores at these three time points exhibit a transcriptome of ∼14k genes, ∼90% of which were shared. An expression analysis identified a total of 3,382 differentially expressed genes (DEGs); of these, 2,155 and 2,281 DEGs were respectively identified when contrasting expression at days 0 and 2 and at days 2 and 5. These define 8 expression profiles in which DEGs share a common up- or down-regulation at these time points. Up-regulation of numerous glutathione S-transferase and heat shock protein genes as well as down-regulation of ribosomal subunit protein genes was observed between days 0 and 2. The transition from microspores to developing embryos (days 2 vs. 5) was marked by the induction of transcription factor genes known to play important roles in early embryogenesis, numerous genes involved in hormone biosynthesis and plant hormonal signal transduction in addition to genes involved in secondary metabolism. This work sheds light on transcriptional changes accompanying an important developmental shift and provides candidate biomarkers for embryogenesis in barley.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».