Genome re‐sequencing and simple sequence repeat markers reveal the existence of divergent lineages in the Canadian <i>Puccinia striiformis</i> f. sp. <i>tritici</i> population with extensive DNA methylation
Notice bibliographique
Résumé
Wheat stripe rust, caused by Puccinia striiformis f. sp. tritici (Pst), is an important disease in Canada. The worldwide genetic structure of Pst populations have been characterized, excluding Canada. Here, we elucidated the genetic structure of the western Canadian Pst population using molecular markers, revealing the presence of four divergent lineages with predominantly clonal structure. In the worldwide context, two previously reported lineages were identified: PstS0 (22%), representing an old Northwestern-European and PstS1 (35%), an invasive warm-temperature adapted. Additionally, two new, unreported lineages, PstPr (9%) and PstS1-related (35%), were detected, which produced more telia than other lineages and had double the number of unique recombination events. The PstPr was a recent invasion, and likely evolved in a diverse, recombinant population as it was closely related to the PstS5, PstS7/Warrior, PstS8/Kranich, and PstS9 lineages originating from sexually recombining populations in the centre of diversity. The DNA methylation analysis revealed DNA-methyltransferase1-homologs, providing compelling evidence for epigenetic regulation and as a first report, an average of ∼5%, 5hmC in the Puccinia epigenome merits further investigation. The divergent lineages in the Canadian Pst population with the potential for genetic recombination, as well as epigenetic regulation needs consideration in the context of pathogen adaptation and management.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».