A98 PLASMA BIOMARKER MAY DETECT DISEASE-DEPENDENT ALTERATIONS IN GUT MICROBIOTA IN IBD: A PILOT STUDY
Notice bibliographique
Résumé
Ulcerative colitis (UC) is chronic, often relapsing, remitting inflammation affecting the rectum to proximal colon. UC activity is linked to reduced gut microbial diversity. Trimethylamine-N-oxide (TMAO) is a quantifiable plasma metabolite produced from dietary choline and carnitine through a microbial-mammalian pathway. A previous study by our group demonstrated decreased plasma TMAO was associated with UC. It was hypothesized that changes in the gut microbial profile accounted for differences in plasma TMAO concentrations. To evaluate the gut microbial profile of subjects with UC and healthy controls to determine if it is predictive of plasma TMAO concentrations. Thirty-three subjects (13 control (C), 20 UC) were recruited and informed consent was obtained. Demographic and disease activity data were collected. Liquid chromatography-tandem mass spectrometry was used to measure TMAO and dietary choline plasma concentrations. A combined 132 sigmoid colon pinch biopsies were taken during colonoscopy to quantify the mucosal-adherent microbial profile. The abundance of five bacterial genera (Bacteroides prevotella (Bp), Clostridium XIV (CXIV), Bifidobacterium longum (Bl), Lactobacillus (L), Enterobacteriaceae (E)), representative of the 4 main bacterial phyla present in the gastrointestinal tract, were quantified from biopsies using real-time PCR. TMAO plasma concentrations were reduced in UC compared to healthy controls (UC: 1.027 ± 0.896, C: 5.478 ± 3.655, p <0.001) and when adjusted for dietary choline plasma concentrations (UC: 0.149 ± 0.232, C:0.643 ± 0.388, p<0.0001). Relative to the total microbiome, Enterobacteriaceae, Lactobacillus and Clostridium XIV were decreased in the UC population compared to the control population (E: UC: 0.714 ± 1.67, C: 1.16 ± 2.49, p=0.28; L: UC: 0.035 ± 0.043, C: 0.042 ± 0.057, p=0.72; CXIV, UC: 1.16 ± 1.51, C: 2.82 ± 5.09, p=0.28). Conversely, in the UC population, Bacteroides prevotella and Bifidobacterium longum were increased relative to the total microbiome (Bp: UC: 6.37 ± 7.22, C: 3.59 ± 2.53, p=0.15; Bl: UC: 0.32±-0.51, C: 0.11 ± 0.15, p=0.11). Studies of the microbiome did not reach statistical significance. This pilot study shows that TMAO plasma concentrations are significantly reduced in patients with UC, even when normalized for choline plasma concentrations. Microbial profiles appear to be different in individuals with UC compared to a healthy population. TMAO-producing Enterobacteriaceae, Lactobacillus and Clostridium XIV were under-represented compared to the total microbiome in individuals with UC. This suggests that differences in the gut microbial profile in UC versus healthy individuals may be detectable by a plasma-based biomarker. Expansion of the sample size is needed to confirm these findings. CAG, CCC, CIHR
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».