A191 NEXT GENERATION SEQUENCING IN THE INVESTIGATION OF HYPERFERRITINEMIA
Notice bibliographique
Résumé
Hyperferritinemia is common and often suggests the diagnosis of iron overload. However, many times it is elevated secondary to inflammation, obesity, alcohol use, or unknown causes. Most Caucasian patients with iron overload are homozygotes for the C282Y mutation of the HFE gene. There are a growing number of iron related genes that may contribute to an elevated ferritin and iron overload. To design a next generation sequencing platform to assess for genetic mutations in 15 iron genes as a diagnostic tool in the investigation of hyperferritinema. Libraries were sequenced using the MiSeq v2 reagent kit to generate 2 x 150 bp paired-end reads using the MiSeq fastq generation mode (Illumina, San Diego, CA), with 24 different patient samples multiplexed per run. Sequence analysis for variant identification, alignment and coverage distribution was performed with NextGene software v2.4.1 (SoftGenetics, LLC, State College, PA) using standard alignment settings (allowable mismatch bases: 1; allowable ambiguous alignments: 50; seeds bases: 30; move step bases: 5; allowable alignments: 100; matching base percentage > 85%). BAM and VCF files were imported into Geneticist Assistant v1.1.5 (SoftGenetics, LLC; State College, PA) for quality control assessment (minimum base coverage; mean exon coverage). The methodology also will assess copy number variation and does not require MLPA confirmation. Genes analyzed included HFE, HJV, HAMP,TfR2,FTL,CP,SLC40A1. Patients were selected from the referral practice at a tertiary care hospital with elevations in serum ferritin > 1000 ug/L who were not typical C282Y homozygotes. There were 120 patients selected for analysis. There were 6 patients homozygous for HJV mutations (G320V in 2 unrelated, and Leu366Ter in 4 related). There were 3 FTL mutations detected in patients with cataracts and heterozygous mutations found in HAMP, CP, TfR2, and TF genes. Next generation sequencing provides a platform to rapidly test for HFE and many other mutations in selected cases. Funding has been requested to provide this analysis for selected Ontario cases similar to funded genetic panels for other rare genetic diseases. None
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».