A11 IMMUNOGLOBULIN G AS A NOVEL SELECTIVE MARKER FOR THE IDENTIFICATION OF INTESTINAL PATHOBIONTS IN PAEDIATRIC INFLAMMATORY BOWEL DISEASES
Notice bibliographique
Résumé
Several studies support a role for gut microorganisms in the development of the common and severely debilitating chronic inflammatory bowel diseases (IBD), Crohn disease (CD) and ulcerative colitis (UC). To date, most studies have examined only samples from stool or inflamed areas, limiting the ability to differentiate between cause and effect. Our recent work examined the uninflamed terminal ileum (TI) in pediatric UC, and showed changes in diversity and composition of bacteria, suggesting that microbes proximal to diseased areas may drive inflammation distally. As immunoglobulin (Ig)G is increased in IBD and has been shown to bind more selectively to pathogens than its counterpart, IgA, we hypothesized that IgG is formed in response to invasive microbes, and could be used to identify specific taxa involved in IBD pathogenesis. To test this, we isolated IgG-bound intestinal bacteria, identified by 16S rDNA sequencing, and tested their virulence in vitro. TI luminal washes were collected during endoscopy of pediatric IBD patients and non-IBD controls. IgG bound (IgG+) and unbound (IgG-) bacteria were separated and collected using FACS and DNA was extracted for 16S rDNA sequencing (Ilumina MiSeq platform). Virulence of specific IgG-bound bacteria was tested in-vitro via gentamycin protection assay, microscopy and qPCR for markers of immune response. Species diversity and microbial composition were reduced in UC compared to non-IBD. Furthermore, the ratio of IgG+/IgG- bacteria increased in CD and UC patients by 2 and 1.5 fold, respectively. Although total abundance of Burkholderia cepacia, was comparable in IBD and non-IBD, there was a 2.5 and 4.1 fold increase in the ratio of IgG+/IgG- binding to B. cepacia in remission/mild or moderate/severe UC, respectively, compared to non-IBD. B. cepacia was previously identified in the ileum of IBD cohorts however, it is not typically recognized as an intestinal pathogen. B. cepacia displays pro-inflammatory effects and invasive potential in an in-vitro model, supporting its pathobiont potential and further supporting the use of IgG as a marker of pathobionts in IBD. We have demonstrated the ability of IgG-binding to selectively identify previously unrecognized mucosa-associated pathobionts, validated in-vitro. Elucidating the role of specific bacterial species in UC pathogenesis will underpin new strategies to improve our ability to direct therapies to those patients most likely to respond. CCCCCFA
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».