MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2793913920 · doi:10.1073/pnas.1711656115

Lineage-specific gene acquisition or loss is involved in interspecific hybrid sterility in rice

2018· article· en· W2793913920 sur OpenAlexfundno aff
Yohei Koide, Atsushi Ogino, Takanori Yoshikawa, Yuki Kitashima, Nozomi Saito, Yoshitaka Kanaoka, Kazumitsu Onishi, Yoshihiro Yoshitake, Takuji Tsukiyama, Hiroki Saito, Masayoshi Teraishi, Yoshiyuki Yamagata, Aiko Uemura, Hiroki Takagi, Yoriko Hayashi, Tomoko Abe, Yoshimichi Fukuta, Yutaka Okumoto, Akira Kanazawa

Notice bibliographique

RevueProceedings of the National Academy of Sciences · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic Mapping and Diversity in Plants and Animals
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsJapan International Research Center for Agricultural SciencesMinistry of Education, Culture, Sports, Science and TechnologyJapan Society for the Promotion of ScienceHokkaido UniversityResearch Organization of Information and SystemsLife Sciences Research Foundation
Mots-clésSterilityBiologyGeneticsLocus (genetics)AlleleGeneMutantLineage (genetic)Reproductive isolationPopulation

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Understanding the genetic basis of reproductive barriers between species has been a central issue in evolutionary biology. The S 1 locus in rice causes hybrid sterility and is a major reproductive barrier between two rice species, Oryza sativa and Oryza glaberrima . The O. glaberrima -derived allele (denoted S 1 g ) on the S 1 locus causes preferential abortion of gametes with its allelic alternative (denoted S 1 s ) in S 1 g / S 1 s heterozygotes. Here, we used mutagenesis and screening of fertile hybrid plants to isolate a mutant with an allele, S 1 mut , which does not confer sterility in the S 1 mut / S 1 g and S 1 mut / S 1 s hybrids. We found that the causal mutation of the S 1 mut allele was a deletion in the peptidase-coding gene (denoted “ SSP ”) in the S 1 locus of O. glaberrima . No orthologous genes of SSP were found in the O. sativa genome. Transformation experiments indicated that the introduction of SSP in carriers of the S 1 s allele did not induce sterility. In S 1 mut / S 1 s heterozygotes, the insertion of SSP led to sterility, suggesting that SSP complemented the loss of the functional phenotype of the mutant and that multiple factors are involved in the phenomenon. The polymorphisms caused by the lineage-specific acquisition or loss of the SSP gene were implicated in the generation of hybrid sterility. Our results demonstrated that artificial disruption of a single gene for the reproductive barrier creates a “neutral” allele, which facilitates interspecific hybridization for breeding programs.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,051
Tête enseignante GPT0,293
Écart entre enseignants0,242 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations81
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueProceedings of the National Academy of SciencesMême sujetGenetic Mapping and Diversity in Plants and AnimalsTravaux en français237 207