Assessment of viral methylation levels for high risk HPV types by newly designed consensus primers PCR and pyrosequencing
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Measuring viral DNA methylation in human papillomavirus (HPV) infected women showed promise for accurate detection of high-grade cervical lesions and cancer. Methylation status has been widely investigated for HPV16, sporadically for other HPV types. METHODS: Objective of this methodological study was to set up molecular methods to test the methylation levels in the twelve oncogenic HPV types by pyrosequencing, minimizing the number of HPV type-specific PCR protocols. Target CpGs were selected on the HPV L1 (two regions, L1 I and L1 II) and L2 genes. Study samples included DNA stored at Turin, Italy, purified by cervical cells collected in Standard Transport Medium or PreservCyt from women who participated in two studies (N = 126 and 140) nested within the regional organized screening programme. PCR consensus primers were designed by PyroMark Assay Design software to be suitable for amplification of many different oncogenic HPV types. RESULTS: Generation of consensus primers was successful for L1 I and II regions, unsuccessful for L2 region, for which HPV type-specific primers remained necessary. The difference between replicated tests on the same sample was ≤4% in 88%, 77% and 91% of cases when targeting the L1 I, L1 II and L2 regions, respectively. The corresponding intra-class correlation coefficients (ICC) were 0.94, 0.87 and 0.97 respectively. When comparing methylation measures based on consensus and type-specific primers, ICC was 0.97 for the L1 I region and 0.99 the for L1 II region. CONCLUSIONS: The proposed protocols, applying consensus primers suitable to amplify the oncogenic HPV types and minimize the number of PCR reactions, represent a promising tool to quantify viral methylation in women positive for any high risk HPV type. IMPACT: Potential application of these methylation protocols in screening settings can be explored to identify women with high probability of progression to high grade lesions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».