A243 FUNCTIONAL ROLES OF NCOR1 AND CHD8 PROTEIN INTERACTION IN HUMAN COLORECTAL CANCER CELLS.
Notice bibliographique
Résumé
The nuclear receptor co-repressor 1 (NCOR1) is a protein with transcriptional repression activity interacting with nuclear receptors. NCOR1 is involved in targeting gene transcription related to intestinal inflammatory response and colorectal cancer. We have previously identified the chromatin helicase DNA binding 8 (CHD8) protein as a potential interactor of NCOR1. CHD8 is a DNA helicase that functions as a transcription repressor by remodeling chromatin structure. To investigate the functional and biological roles of CHD8 interaction with NCOR1 in colorectal cancer. HT-29 and Caco-2/15 cell lines were depleted in NCOR1 or CHD8 by RNAi. Cell proliferation of the generated cell lines was measured by cell counts. Overall changes in transcriptome was determined by high-throughput RNA sequencing. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) was performed with the use of a specific CHD8 antibody. Multiple HA and V5 epitope-tagged domain fragments of NCOR1 and CHD8 were generated for interaction assays. Depletion of NCOR1 in HT-29 and Caco-2/15 cells led to a strong reduction of cell proliferation, while depletion of CHD8 led to a less robust effect. High-throughput RNA sequencing identified more than 60 common genes for which the expression was modulated in both NCOR1 and CHD8 depleted HT-29 and Caco-2/15 cell populations. Among these modulated genes, the Brain Derived Neutrophic Factor (BDNF), known to be involved in cancer cell motility, was identified as a common gene target for both NCOR1 and CHD8. ChIP with the use of a CHD8 specific antibody was optimized in colorectal cancer cell lines to monitor the level of CHD8 chromatin occupancy among the identified genes. Finally, various tagged constructs representative of specific domains of NCOR1 and CHD8 have been generated and validated by Western blot. Interactions strategies are currently undergoing to functionally validate NCOR1 and CHD8 biological link. NCOR1 and CHD8 interact together, affect common genes and negatively influence colorectal cancer cell proliferation. Identification of the specific nature of this interaction will highlight novel strategies to disrupt NCOR1-CHD8 interaction in order to regulate colorectal cancer cell proliferation. CIHR
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».