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Enregistrement W2794635543 · doi:10.1101/292581

The Genomic Formation of South and Central Asia

2018· preprint· en· W2794635543 sur OpenAlexaff
Vagheesh M. Narasimhan, Nick Patterson, Priya Moorjani, Iosif Lazaridis, Mark Lipson, Swapan Mallick, Nadin Rohland, Rebecca Bernardos, Alexander M. Kim, Nathan Nakatsuka, Íñigo Olalde, Alfredo Coppa, J. P. Mallory, Vyacheslav Moiseyev, Janet Monge, Luca M. Olivieri, Nicole Adamski, Nasreen Broomandkhoshbacht, Francesca Candilio, Olivia Cheronet, Brendan J. Culleton, Matthew Ferry, Daniel Fernandes, Beatriz Gamarra, Daniel Gaudio, Mateja Hajdinjak, Éadaoin Harney, Thomas K. Harper, Denise Keating, Ann Marie Lawson, Megan Michel, Mario Novak, Jonas Oppenheimer, Niraj Rai, Kendra Sirak, Viviane Slon, Kristin Stewardson, Zhao Zhang, Gaziz Akhatov, A.N. Bagashev, Bauryzhan Baitanayev, Gian Luca Bonora, Т. А. Чикишева, А. П. Деревянко, Enshin Dmitry, Katerina Douka, Надежда Дубова, Andrey Epimakhov, Suzanne Freilich, Dorian Q. Fuller, Alexander Goryachev, Andrey Gromov, Bryan Hanks, Margaret A. Judd, Erlan Kazizov, Aleksandr Khokhlov, Еgor Kitov, Elena Kupriyanova, Pavel Kuznetsov, Donata Luiselli, Farhod Maksudov, Christopher Meiklejohn, Deborah C. Merrett, Roberto Micheli, Oleg Dmitrievich Mochalov, Zahir Muhammed, Samariddin Mustafokulov, Ayushi Nayak, Rykun M. Petrovna, Davide Pettener, Richard Potts, Dmitry Razhev, Stefania Sarno, Kulyan Sikhymbaeva, Sergey Slepchenko, N. Stepanova, Svetlana V Svyatko, Sergey Vasilyev, Massimo Vidale, Dmitriy Voyakin, Antonina Yermolayeva, А. В. Зубова, Vasant Shinde, Carles Lalueza‐Fox, Matthias Meyer, David W. Anthony, Nicole Boivin, Kumarasamy Thangaraj, Douglas J. Kennett, Michael D. Frachetti, Ron Pinhasi, David Reich

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2018
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueForensic and Genetic Research
Établissements canadiensSimon Fraser UniversityUniversity of Winnipeg
Organismes subventionnairesRadcliffe Institute for Advanced Study, Harvard UniversityNational Institute of General Medical SciencesRussian Science FoundationCouncil of Scientific and Industrial Research, IndiaMax-Planck-GesellschaftRussian Foundation for Basic ResearchHarvard UniversityNational Science Foundation
Mots-clésIndusSteppeGeographyPastoralismCentral asiaBronze AgePopulationAncient historySouth asiaCivilizationArchaeologyAncient DNADemographyBiologyHistoryPhysical geographyPaleontologyLivestockForestry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The genetic formation of Central and South Asian populations has been unclear because of an absence of ancient DNA. To address this gap, we generated genome-wide data from 362 ancient individuals, including the first from eastern Iran, Turan (Uzbekistan, Turkmenistan, and Tajikistan), Bronze Age Kazakhstan, and South Asia. Our data reveal a complex set of genetic sources that ultimately combined to form the ancestry of South Asians today. We document a southward spread of genetic ancestry from the Eurasian Steppe, correlating with the archaeologically known expansion of pastoralist sites from the Steppe to Turan in the Middle Bronze Age (2300-1500 BCE). These Steppe communities mixed genetically with peoples of the Bactria Margiana Archaeological Complex (BMAC) whom they encountered in Turan (primarily descendants of earlier agriculturalists of Iran), but there is no evidence that the main BMAC population contributed genetically to later South Asians. Instead, Steppe communities integrated farther south throughout the 2nd millennium BCE, and we show that they mixed with a more southern population that we document at multiple sites as outlier individuals exhibiting a distinctive mixture of ancestry related to Iranian agriculturalists and South Asian hunter-gathers. We call this group Indus Periphery because they were found at sites in cultural contact with the Indus Valley Civilization (IVC) and along its northern fringe, and also because they were genetically similar to post-IVC groups in the Swat Valley of Pakistan. By co-analyzing ancient DNA and genomic data from diverse present-day South Asians, we show that Indus Periphery -related people are the single most important source of ancestry in South Asia—consistent with the idea that the Indus Periphery individuals are providing us with the first direct look at the ancestry of peoples of the IVC—and we develop a model for the formation of present-day South Asians in terms of the temporally and geographically proximate sources of Indus Periphery- related, Steppe, and local South Asian hunter-gatherer-related ancestry. Our results show how ancestry from the Steppe genetically linked Europe and South Asia in the Bronze Age, and identifies the populations that almost certainly were responsible for spreading Indo-European languages across much of Eurasia. One Sentence Summary Genome wide ancient DNA from 357 individuals from Central and South Asia sheds new light on the spread of Indo-European languages and parallels between the genetic history of two sub-continents, Europe and South Asia.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,008

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,010
Tête enseignante GPT0,224
Écart entre enseignants0,213 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations85
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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