Investigating the Role of Genetic Background and Niche of Origin in the Adaptation of Pseudomonas aeruginosa
Notice bibliographique
Résumé
Prolonged respiratory infection by the opportunistic pathogen, Pseudomonas aeruginosa, is the major contributor to declining lung function and early mortality in individuals with cystic fibrosis (CF).Patients are believed to acquire their infections from the environment, upon which a single clone will often undergo long-term colonization in response to selection within the lung.It is unknown however, whether all genotypes are capable of causing infection, and whether all environmental strains are initially maladapted to life in the lung.To investigate these unknowns, we experimentally evolved 18 different environmental and CF-clinical genotypes within synthetic CF lung sputum (SCFM), to identify any genotypic and/or prior niche constraints on trait evolution and pathoadaptation.We found that genotype significantly constrained evolution within SCFM, which was evidenced through phylogenetic signal in the change of both traits and fitness.The traits showing the highest phylogenetic signal in this experiment included H2O2 resistance, biofilm formation and twitching.We also found that environmental strains evolve differently in SCFM compared to their CF-clinical counterparts.Environmental strains significantly decreased in H2O2 resistance, pigment production, and swimming whereas clinical strains slightly increased or remained unchanged.Furthermore, while the environmental strains often underwent greater fitness leaps than the clinical strains, this was not true for all strains.We hypothesize then that particular niches may better prime strains for causing infection over others.Altogether our results suggest there is widespread variation in the adaptation of P. aeruginosa, which is in part constrained by both genetic background, and niche of origin.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».