Mistaken identity of an open reading frame proposed for PCR-based identification of <i>Mycoplasma bovis</i> and the effect of polymorphisms and insertions on assay performance
Notice bibliographique
Résumé
Mycoplasma bovis is an important cause of disease in cattle and bison. Because the bacterium requires specialized growth conditions, many diagnostic laboratories routinely use PCR to replace or complement conventional isolation and identification methods. A frequently used target of such assays is the uvrC gene, which has been shown to be highly conserved among isolates. We discovered that a previously described PCR putatively targeting the uvrC gene amplifies a fragment from an adjacent gene predicted to encode a lipoprotein. Comparison of the lipoprotein gene sequence from 211 isolates revealed several single nucleotide polymorphisms, 1 of which falls within a primer-binding sequence. Additionally, 3 isolates from this group were found to have a 1,658-bp transposase gene insertion within the amplified region that leads to a false-negative result. The insertion was not detected in a further 164 isolates. We found no evidence that the nucleotide substitution within the primer-binding region affects the assay sensitivity, performance, or limit of detection. Nonetheless, laboratories utilizing this method for identification of M. bovis should be aware that the region amplified may be prone to nucleotide substitutions and/or insertions relative to the sequence used for its design and that occasional false-negative results may be obtained.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».