Phylotranscriptomic analysis and genome evolution of the Cypripedioideae (Orchidaceae)
Notice bibliographique
Résumé
PREMISE OF THE STUDY: The slipper orchids (Cypripedioideae) are a morphologically distinct subfamily of Orchidaceae. They also have some of the largest genomes in the orchids, which may be due to polyploidy or some other mechanism of genome evolution. We generated 10 transcriptomes and incorporated existing RNA-seq data to infer a multilocus nuclear phylogeny of the Cypripedioideae and to determine whether a whole-genome duplication event (WGD) correlated with the large genome size of this subfamily. Knowing more about timing of ancient polyploidy events can help us understand the evolution of one of the most species-rich plant families. METHODS: Transcriptome data were used to identify low-copy orthologous genes to infer a phylogeny of Orchidaceae and to identify paralogs to place any WGD events on the species tree. KEY RESULTS: Our transcriptome phylogeny confirmed relationships published in previous studies that used fewer markers but incorporated more taxa. We did not find a WGD event at the base of the slipper orchids; however, we did identify one on the Orchidaceae stem lineage. We also confirmed the presence of a previously identified WGD event deeper in the monocot phylogeny. CONCLUSIONS: Although WGD has played a role in the evolution of Orchidaceae, polyploidy does not appear to be responsible for the large genome size of slipper orchids. The conserved set of 775 largely single-copy nuclear genes identified in this study should prove useful in future studies of orchid evolution.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».