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The Immune Landscape of Cancer
Vésteinn Thórsson, David L. Gibbs, Scott D. Brown, Denise M. Wolf, Dante S. Bortone, Tai-Hsien Ou Yang, Eduard Porta‐Pardo, Christopher Plaisier, James A. Eddy, Elad Ziv, Aedín C. Culhane, Evan Paull, I.K. Ashok Sivakumar, Andrew J. Gentles, Raunaq Malhotra, Farshad Farshidfar, Antonio Colaprico, Joel S. Parker, Lisle E. Mose, Nam S. Vo, Jianfang Liu, Yuexin Liu, Janet S. Rader, Varsha Dhankani, Sheila M. Reynolds, Reanne Bowlby, Andrea Califano, Andrew D. Cherniack, Dimitris Anastassiou, Davide Bedognetti, Younes Mokrab, Aaron M. Newman, Arvind Rao, Ken Chen, Alexander Krasnitz, Hai Hu, Tathiane M. Malta, Houtan Noushmehr, Chandra Sekhar Pedamallu, Susan Bullman, Akinyemi I. Ojesina, Andrew Lamb, Wanding Zhou, Hui Shen, Toni K. Choueiri, John N. Weinstein, Justin Guinney, Joel Saltz, Robert A. Holt, Charles S. Rabkin, Rory Johnson, John A. Demchok, Ina Felau, Melpomeni Kasapi, Martin L. Ferguson, Carolyn M. Hutter, Heidi J. Sofia, Roy Tarnuzzer, Zhining Wang, Liming Yang, Jean C. Zenklusen, Jiashan Zhang, Sudha Chudamani, Jia Liu, Laxmi Lolla, Rashi Naresh, Todd Pihl, Qiang Sun, Yunhu Wan, Ye Wu, Juok Cho, Timothy Defreitas, Scott Frazer, Nils Gehlenborg, Gad Getz, David I. Heiman, Michael S. Lawrence, Pei Lin, Michael S. Noble, Gordon Saksena, Doug Voet, Hailei Zhang, Brady Bernard, Nyasha Chambwe, Theo Knijnenburg, Roger Kramer, Kalle Leinonen, Michael Miller, Ilya Shmulevich, Wei Zhang, Rehan Akbani, Bradley M. Broom, Apurva M. Hegde, Zhenlin Ju, Rupa S. Kanchi, Anil Korkut, Jun Li, Han Liang, Shiyun Ling, Wenbin Liu, Yiling Lu, Gordon B. Mills, Kwok-Shing Ng, Michael P. Ryan, Jing Wang, Jiexin Zhang, Adam Abeshouse, Joshua Armenia, Debyani Chakravarty, Walid K. Chatila, Ino de Bruijn, Galen F. Gao, Benjamin Groß, Zachary Heins, Ritika Kundra, Konnor La, Marc Ladanyi, Augustin Luna, Moriah G. Nissan, Angelica Ochoa, Sarah Phillips, Ed Reznik, Francisco Sánchez-Vega, Chris Sander, Nikolaus Schultz, Robert P. Sheridan, S. Onur Sumer, Yichao Sun, Barry S. Taylor, Jioajiao Wang, Hongxin Zhang, Pavana Anur, Myron Peto, Paul T. Spellman, Christopher C. Benz, Joshua M. Stuart, Christopher K. Wong, Christina Yau, D. Neil Hayes, Matthew D. Wilkerson, Adrian Ally, Miruna Balasundaram, Denise Brooks, Rebecca Carlsen, Eric Chuah, Noreen Dhalla, Steven J.M. Jones, Darlene Lee, Yussanne Ma, Marco A. Marra, Michael Mayo, Richard A. Moore, Andrew J. Mungall, Karen Mungall, A. Gordon Robertson, Sara Sadeghi, Jacqueline E. Schein, Payal Sipahimalani, Angela Tam, Nina Thiessen, Kane Tse, Tina Wong, Ashton C. Berger, Rameen Beroukhim, Carrie Cibulskis, Stacey Gabriel, Gavin Ha, Matthew Meyerson, Steven E. Schumacher, Juliann Shih, Melanie H. Kucherlapati, Raju Kucherlapati, Stephen B. Baylin, Leslie Cope, Ludmila Danilova, Phillip H. Lai, Dennis T. Maglinte, David Van Den Berg, Daniel J. Weisenberger, J. Todd Auman, Saianand Balu, Tom Bodenheimer, Katherine A. Hoadley, Alan P. Hoyle, Corbin D. Jones, Shaowu Meng, Piotr A. Mieczkowski, Amy H. Perou, Charles M. Perou, Jeffrey Roach, Yan Shi, Janae V. Simons, Tara Skelly, Matthew G. Soloway, Donghui Tan, Umadevi Veluvolu, Huihui Fan, Toshinori Hinoue, Peter W. Laird, Michelle Bellair, Kyle Chang, Kyle R. Covington, Chad J. Creighton, Huyen Dinh, HarshaVardhan Doddapaneni, Lawrence A. Donehower, Jennifer Drummond, Richard A. Gibbs, Robert Glenn, Walker Hale, Yi Han, Viktoriya Korchina, Lora Lewis, Wei Li, Xiuping Liu, Margaret Morgan, Donna Morton, Donna M. Muzny, Jireh Santibanez, Margi Sheth, Eve Shinbrot, Linghua Wang, Min Wang, David A. Wheeler, Liu Xi, Fengmei Zhao, Julian M. Hess, Elizabeth L. Appelbaum, Matthew H. Bailey, Matthew G. Cordes, Li Ding, Catrina C. Fronick, Lucinda A. Fulton, Robert S. Fulton, Cyriac Kandoth, Elaine R. Mardis, Michael D. McLellan, Christopher A. Miller, Heather K. Schmidt, Richard K. Wilson, Daniel Crain, Erin Curley, Johanna Gardner, Kevin Lau, David Mallery, Scott Morris, Joseph Paulauskis, Robert Penny, Candace Shelton, Troy Shelton, Mark E. Sherman, Eric Thompson, Peggy Yena, Jay Bowen, Julie M. Gastier-Foster, Mark Gerken, Kristen M. Leraas, Tara M. Lichtenberg, Nilsa C. Ramirez, Lisa Wise, Erik Zmuda, Niall M. Corcoran, Tony Costello, Christopher M. Hovens, André Lopes Carvalho, Ana Carolina de Carvalho, José Humberto Tavares Guerreiro Fregnani, Adhemar Longatto‐Filho, Rui Manuel Reis, Cristovam Scapulatempo‐Neto, Henrique C.S. Silveira, Daniel Onofre Vidal, Andrew Burnette, Jennifer Eschbacher, Beth Hermes, Ardene Noss, Rosy Singh, Matthew L. Anderson, Patricia D. Castro, Michael Ittmann, David Huntsman, Bernard Kohl, Xuan Le, Richard Thorp, Chris Andry, Elizabeth R. Duffy, Vladimir Lyadov, Oxana Paklina, Galiya Setdikova, Shabunin Av, Mikhail Tavobilov, Christopher McPherson, Ronald E. Warnick, Ross S. Berkowitz, Daniel Cramer, Colleen M. Feltmate, Neil S. Horowitz, Adam S. Kibel, Michael G. Muto, Chandrajit P. Raut, Andrei Malykh, Jill S. Barnholtz‐Sloan, Wendi Barrett, Karen Devine, Jordonna Fulop, Quinn T. Ostrom, Kristen Shimmel, Yingli Wolinsky, Andrew E. Sloan, Agostino Maria De Rose, Felice Giuliante, Marc T. Goodman, Beth Y. Karlan, Curt H. Hagedorn, John Eckman, Jodi Harr, Jerome K. Myers, Kelinda Tucker, Leigh Anne Zach, Brenda Deyarmin, Leonid Kvecher, Caroline Larson, Richard Mural, Stella Somiari, Aleš Vícha, Tomáš Zelinka, Joseph Bennett, Mary Iacocca, Brenda Rabeno, Patricia Swanson, Mathieu Latour, Louis Lacombe, Bernard Têtu, Alain Bergeron, Mary McGraw, Susan M. Staugaitis, John A. Chabot, Hanina Hibshoosh, Antonia R. Sepulveda, Tao Su, Timothy C. Wang, Olga Potapova, Olga L. Voronina, Laurence Desjardins, Odette Mariani, Sergio Roman‐Roman, Xavier Sastre, Marc‐Henri Stern, Feixiong Cheng, Sabina Signoretti, Andrew Berchuck, Darell D. Bigner, Eric Lipp, Jeffrey S. Marks, Shannon J. McCall, Roger E. McLendon, Angeles Alvarez Secord, Alexis Sharp, Madhusmita Behera, Daniel J. Brat, Amy Chen, Keith A. Delman, Seth Force, Fadlo R. Khuri, Kelly R. Magliocca, Shishir K. Maithel, Jeffrey J. Olson, Taofeek K. Owonikoko, Alan Pickens, Suresh S. Ramalingam, Dong M. Shin, Gabriel Sica, Erwin G. Van Meir, Hongzheng Zhang, Wil Eijckenboom, Ad Gillis, Esther Korpershoek, Leendert H. J. Looijenga, Wolter Oosterhuis, Hans Stoop, Kim E. van Kessel, Ellen C. Zwarthoff, Chiara Calatozzolo, Lucia Cuppini, Stefania Cuzzubbo, Francesco DiMeco, Gaetano Finocchiaro, Luca Mattei, Alessandro Perin, Bianca Pollo, Chu Chen, J. C. Houck, Pawadee Lohavanichbutr, Arndt Hartmann, Robert Stoehr, Helge Täubert, Sven Wach, Bernd Wullich, Witold Kycler, Dawid Murawa, Maciej Wiznerowicz, Ki Wung Chung, W. Jeffrey Edenfield, Julie Martin, Éric Baudin, Glenn J. Bubley, Raphael Bueno, Assunta De Rienzo, William G. Richards, Steven N. Kalkanis, Tom Mikkelsen, Lisa Scarpace, Nicolas Girard, Marta Aymerich, Elı́as Campo, Eva Giné, Armando López Guillermo, Nguyen Van Bang, Phan Thi Hanh, Bùi Đức Phú, Yufang Tang, Howard Colman, Kimberley Evason, Peter R. Dottino, John A. Martignetti, Hani Gabra, Hartmut Juhl, Teniola Akeredolu, Serghei Stepa, Dave S.�B. Hoon, Keunsoo Ahn, Koo Jeong Kang, Felix Beuschlein, Anne Breggia, Michael J. Birrer, Debra Bell, Mitesh J. Borad, Alan H. Bryce, Erik P. Castle, Vishal S. Chandan, John C. Cheville, John A. Copland, Michael B. Farnell, Thomas J. Flotte, Nasra H. Giama, Thai H. Ho, Michael L. Kendrick, Jean‐Pierre Kocher, Karla Kopp, Catherine D. Moser, David M. Nagorney, Daniel J. O’Brien, Brian Patrick O’Neill, Tushar Patel, Gloria Petersen, Florencia G. Que, Michael Rivera, Lewis R. Roberts, Robert C. Smallridge, Thomas C. Smyrk, Melissa Stanton, R. Houston Thompson, Michael Torbenson, Ju Dong Yang, Lizhi Zhang, Fadi Brimo, Jaffer A. Ajani, Ana Maria Angulo Gonzalez, Carmen Behrens, Jolanta Bondaruk, Russell R. Broaddus, Bogdan Czerniak, Bita Esmaeli, Junya Fujimoto, Charles C. Guo, Alexander J. Lazar, Christopher J. Logothetis, Funda Meric‐Bernstam, César A. Moran, Lois M. Ramondetta, David C. Rice, Anil K. Sood, Pheroze Tamboli, Timothy Thompson, Patricia Troncoso, Anne S. Tsao, Ignacio Wistuba, Candace Carter, Lauren E. Haydu, Peter Hersey, Valerie Jakrot, Hojabr Kakavand, Richard Kefford, Kenneth Lee, Georgina V. Long, Graham J. Mann, Michael C. Quinn, Robyn P.M. Saw, Richard A. Scolyer, Kerwin F. Shannon, Andrew J. Spillane, onathan Stretch, Maria Synott, John F. Thompson, James S. Wilmott, Hikmat Al‐Ahmadie, Timothy A. Chan, Ronald Ghossein, Anuradha Gopalan, Douglas A. Levine, Victor Reuter, Samuel Singer, Bhuvanesh Singh, Nguyen Viet Tien, Thomas Broudy, Cyrus Mirsaidi, Praveen Nair, Paul Drwiega, Judy Miller, Jennifer A. Smith, Howard Zaren, Joong-Won Park, Nguyễn Phi Hùng, Electron Kebebew, W. Marston Linehan, Adam R. Metwalli, Karel Pacák, Peter A. Pinto, Mark Schiffman, Laura S. Schmidt, Cathy D. Vocke, Nicolas Wentzensen, Robert Worrell, Hannah Yang, Marc Moncrieff, Chandra Goparaju, Jonathan Melamed, Harvey I. Pass, Natalia Botnariuc, Irina Caraman, Mircea Cernat, Inga Chemencedji, Adrian Clipca, Serghei Doruc, Ghenadie Gorincioi, Sergiu Mura, Maria Pirtac, Irina Stancul, Diana Tcaciuc, Monique Albert, Iakovina Alexopoulou, Angel Arnaout, John Bartlett, Jay Engel, Sébastien Gilbert, Jeremy Parfitt, Harman Sekhon, George Thomas, Doris M. Rassl, Robert C. Rintoul, Carlo Bifulco, Raina Tamakawa, Walter J. Urba, Nicholas K. Hayward, Henri Timmers, Anna Antenucci, Francesco Facciolo, Gian Luca Grazi, Mirella Marino, Roberta Merola, Ronald R. de Krijger, Anne‐Paule Gimenez‐Roqueplo, Alain Piché, Simone Chevalier, Ginette McKercher, Kıvanç Birsoy, Gene H. Barnett, Cathy Brewer, Carol Farver, Theresa Naska, Nathan A. Pennell, Daniel Raymond, Cathy Schilero, Kathy Smolenski, Quaid Morris, Jeffrey A. Borgia, Mark Pool, Christopher W. Seder, Kerstin Junker, Larsson Omberg, Mikhail Dinkin, George Manikhas, Domenico Alvaro, Maria Consiglia Bragazzi, Vincenzo Cardinale, Guido Carpino, Eugenio Gaudio, David Chesla, Sandra Cottingham, Michael Dubina, Fedor Moiseenko, Renumathy Dhanasekaran, Karl‐Friedrich Becker, Klaus‐Peter Janssen, Julia Slotta‐Huspenina, Mohamed H. Abdel‐Rahman, Dina Aziz, Sue Bell, Colleen M. Cebulla, Amy Davis, Rebecca Duell, J. Bradley Elder, Joe Hilty, Bahavna Kumar, James C. Lang, Norman L. Lehman, Randy Mandt, Phuong Nguyen, Robert Pilarski, Karan Rai, Lynn Schoenfield, Kelly Senecal, Paul E. Wakely, Paul Hansen, Ronald M. Lechan, James Powers, Arthur S. Tischler, William E. Grizzle, Katherine C. Sexton, Alison Kastl, Joel Henderson, Sima P. Porten, Jens Waldmann, Martin Faßnacht, L. Sylvia, Dirk Schadendorf, Marta Couce, Markus Graefen, Hartwig Huland, Guido Sauter, Thorsten Schlomm, Ronald Simon, Pierre Tennstedt, Oluwole Olabode, Mark A. Nelson, Oliver F. Bathe, Peter R. Carroll, June M. Chan, Philip J. DiSaia, Pat Glenn, Robin Kate Kelley, Charles N. Landen, Joanna Phillips, Michael Prados, Jeffry Simko, Karen Smith‐McCune, Scott R. VandenBerg, Kevin K. Roggin, Ashley Fehrenbach, Ady Kendler, Suzanne Sifri, Ruth Steele, Antonio Jimeno, Francis A. Carey, Ian Forgie, Massimo Mannelli, Michael E. Carney, Brenda Hernandez, Benito Campos, Christel Herold‐Mende, Christin Jungk, Andreas Unterberg, Andreas von Deimling, Aaron Bossler, Joseph Galbraith, Laura Jacobus, Michael Knudson, Tina Knutson, Deqin Ma, Mohammed Milhem, Rita Sigmund, Andrew K. Godwin, Rashna Madan, Howard G. Rosenthal, Clement Adebamowo, Sally N. Adebamowo, Alex Boussioutas, David G. Beer, Thomas J. Giordano, Anne‐Marie Mes‐Masson, Fred Saad, Thèrése Bocklage, Lisa M. Landrum, Robert S. Mannel, Kathleen N. Moore, Katherine Moxley, Russel Postier, Joan Walker, Rosemary E. Zuna, Michael D. Feldman, Federico Valdivieso, Rajiv Dhir, James D. Luketich, Edna M. Mora Pinero, Mario Quintero-Aguilo, Carlos Gilberto Carlotti, José Sebastião dos Santos, Rafael Kemp, Ajith Sankarankuty, Daniela Pretti da Cunha Tirapelli, James W.F. Catto, Kathy Agnew, Elizabeth M. Swisher, Jenette Creaney, Bruce Robinson, Carl Simon Shelley, Eryn M. Godwin, Sara Kendall, Cassaundra Shipman, Carol R. Bradford, Thomas E. Carey, Jeffey Moyer, Lisa A. Peterson, Mark E. Prince, Laura S. Rozek, Gregory T. Wolf, Rayleen Bowman, Kwun M. Fong, Ian A. Yang, Robert J. Korst, W. Kimryn Rathmell, J. Leigh Fantacone-Campbell, Jeffrey A. Hooke, Albert J. Kovatich, Craig D. Shriver, John F. DiPersio, Bettina F. Drake, Ramaswamy Govindan, Sharon E. Heath, Timothy J. Ley, Brian A. Van Tine, Peter Westervelt, Mark A. Rubin, Jung Il Lee, Natália D. Aredes, Armaz Mariamidze, Jonathan S. Serody, Elizabeth G. Demicco, Mary L. Disis, Benjamin G. Vincent
Notice bibliographique
RevueImmunity · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Immunotherapy and Biomarkers
Établissements canadiensMount Sinai HospitalUniversity of CalgaryCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreBC Cancer Agency
Organismes subventionnairesU.S. National Library of MedicineNational Institute of Environmental Health SciencesNational Cancer InstituteU.S. Department of Health and Human ServicesNational Institutes of HealthNational Institute of General Medical SciencesCancer Research InstituteNational Human Genome Research InstituteU.S. Department of Defense
Mots-clésBiologyImmune systemNeuroblastoma RAS viral oncogene homologEpigeneticsFOXP3Cancer researchImmunologyMelanomaCancerEpigenomeKRASGeneGeneticsGene expressionDNA methylationColorectal cancer
Résumé
We performed an extensive immunogenomic analysis of more than 10,000 tumors comprising 33 diverse cancer types by utilizing data compiled by TCGA. Across cancer types, we identified six immune subtypes-wound healing, IFN-γ dominant, inflammatory, lymphocyte depleted, immunologically quiet, and TGF-β dominant-characterized by differences in macrophage or lymphocyte signatures, Th1:Th2 cell ratio, extent of intratumoral heterogeneity, aneuploidy, extent of neoantigen load, overall cell proliferation, expression of immunomodulatory genes, and prognosis. Specific driver mutations correlated with lower (CTNNB1, NRAS, or IDH1) or higher (BRAF, TP53, or CASP8) leukocyte levels across all cancers. Multiple control modalities of the intracellular and extracellular networks (transcription, microRNAs, copy number, and epigenetic processes) were involved in tumor-immune cell interactions, both across and within immune subtypes. Our immunogenomics pipeline to characterize these heterogeneous tumors and the resulting data are intended to serve as a resource for future targeted studies to further advance the field.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Théorique ou conceptuel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,004
Score d'incertitude au seuil0,013
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,313
Écart entre enseignants0,295 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validation
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeThéorique ou conceptuel
Domainenon disponible
GenreSynthèse
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».
En bref
Citations6 191
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentnon