Potential SNPs related to microspore culture in <i>Raphanus sativus</i> based on a single-marker analysis
Notice bibliographique
Résumé
Radish (Raphanus sativus) is an economically important crop grown for its edible roots and leaves. It is a self-incompatible, outcrossing species, making the production of homozygous lines and the development of breeding populations difficult. However, this can be overcome with haploids production techniques using isolated microspores, providing the rapid production of homozygous lines for breeding. Thus, it would be useful to identify radishes with a high regeneration rate from microspore culture. In the current study, 96 radish cultivars or germplasms were evaluated for high regeneration rates. Also, a single-marker analysis (SMA) was applied to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs) potentially associated with this trait using genotype-by-sequencing (GBS) technology. The regeneration rate from microspore culture of 96 lines showed a wide range, from 0% to 269.5%. From the SMA, 52 markers were detected at a p value of 0.001 and a total of 11 physically nearby genes with high levels of similarity in various species were identified as candidates for high regeneration rates. This result could be used for clarifying the genetic basis underlying these traits and developing molecular markers associated with regeneration rates and would be beneficial for generating homozygous inbred lines.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».