Transcriptome-based identification of genes related to resistance against <i>Botrytis elliptica</i> in <i>Lilium regale</i>
Notice bibliographique
Résumé
A major production constraint of lilies is gray mold caused by the necrotrophic fungus Botrytis elliptica. The molecular basis of lily plant resistance to B. elliptica remains largely unexplored. To systematically dissect transcriptomic responses, we constructed four RNA-seq libraries from the leaves of Lilium regale, a promising Chinese wild Lilium species, after B. elliptica infection for 0, 4, 12, or 24 h. The sequence reads were assembled into 96 416 unigenes, of which 7697 were differentially expressed. Profiling analysis revealed changes in gene expression, including 2261 downregulated genes and 3599 upregulated genes. Quantitative real-time polymerase chain reaction analysis of 39 defense-related unigenes confirmed that the transcriptional changes of these genes presented in the RNA-seq data were predominately affected by B. elliptica infection. Key B. elliptica modulated genes played roles in defense responses mediated by phytohormones involved in jasmonate signaling, whereas salicylic acid and ethylene were not involved. Among transcription factors, some WRKYs, MYB, and ethylene responsive factor were clearly upregulated. Additionally, a group of genes encoding known important defense-related proteins, such as receptor-like kinases, antioxidant enzymes, polyphenol oxidase, pathogenesis-related proteins, and proteins associated with phenylpropanoid metabolism, exhibited high transcript abundances. Furthermore, the expressions of selected candidate genes were induced more rapidly and strongly in the resistant genotype than in the susceptible genotype. Taken together, the results provide a better understanding of the defense responses involved in the crosstalk between the lily and B. elliptica and a valuable set of sequence data for gray mold resistant candidate gene discovery.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».