TGF-β induced CXCL13 in CD8+ T cells is associated with tertiary lymphoid structures in cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Coordinated immune responses against human tumors are frequently characterized by tertiary lymphoid structures (TLS) which predict improved prognosis. The development of TLS is dependent on the chemokine CXCL13, reported to be secreted by dendritic cells and follicular helper T cells only. We report the unexpected finding that CXCL13 is also secreted by activated CD8+ T cells following stimulation by transforming growth factor beta (TGF-β). Using single cell RNA sequencing we found that expression of CXCL13 in CD8+ T cells was restricted to the intraepithelial CD103+ population. Accordingly, CD8+ T cells activated in the presence of TGF-β simultaneously upregulated CD103 and secreted CXCL13. CXCL13 expression was strongly correlated with neo-antigen burden and cytolytic gene signatures in bulk tumors. In line with this, TLS were abundant in neo-antigen-high, CD103+ T cell-enriched tumors. TGF-β thus appears to play a role in coordinating immune responses against human tumors through CD8-dependent CXCL13-associated formation of TLS.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».