IRES-mediated ribosome repositioning directs translation of a +1 overlapping ORF that enhances viral infection
Notice bibliographique
Résumé
Abstract RNA structures can interact with the ribosome to alter translational reading frame maintenance and promote recoding that result in alternative protein products. Here, we show that the internal ribosome entry site (IRES) from the dicistrovirus Cricket paralysis virus drives translation of the 0-frame viral polyprotein and an overlapping +1 open reading frame, called ORFx, via a novel mechanism whereby a subset of ribosomes recruited to the IRES bypasses downstream to resume translation at the +1-frame 13th non-AUG codon. A mutant of CrPV containing a stop codon in the +1 frame ORFx sequence, yet synonymous in the 0-frame, is attenuated compared to wild-type virus in a Drosophila infection model, indicating the importance of +1 ORFx expression in promoting viral pathogenesis. This work demonstrates a novel programmed IRES-mediated recoding strategy to increase viral coding capacity and impact virus infection, highlighting the diversity of RNA-driven translation initiation mechanisms in eukaryotes. Significance Statement Viruses use alternate mechanisms to increase the coding capacity of their viral genomes. Here, we provide biochemical evidence that ribosomes recruited to the dicistrovirus cricket paralysis virus IRES undergo a bypass event to direct translation of a downstream +1 frame overlapping open reading frame, called ORFx. Mutations that block ORFx expression inhibit +1 frame translation and infection in fruit flies. These findings highlight the diversity of RNA-driven translation initiation mechanisms in eukaryotes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».