Genomic, Proteomic and Phenotypic Heterogeneity in HeLa Cells across Laboratories: Implications for Reproducibility of Research Results
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The independent reproduction of research results is a cornerstone of experimental research, yet it is beset by numerous challenges, including the quality and veracity of reagents and materials. Much of life science research depends on life materials, including human tissue culture cells. In this study we aimed at determining the degree of variability in the molecular makeup and the ensuing phenotypic consequences in commonly used human tissue culture cells. We collected 14 stock HeLa aliquots from 13 different laboratories across the globe, cultured them in uniform conditions and profiled the genome-wide copy numbers, mRNAs, proteins and protein turnover rates via genomic techniques and SWATH mass spectrometry, respectively. We also phenotyped each cell line with respect to the ability of transfected Let7 mimics to modulate Salmonella infection. We discovered significant heterogeneity between HeLa variants, especially between lines of the CCL2 and Kyoto variety. We also observed progressive divergence within a specific cell line over 50 successive passages. From the aggregate multi-omic datasets we quantified the response of the cells to genomic variability across the transcriptome and proteome. We discovered organelle-specific proteome remodeling and buffering of protein abundance by protein complex stoichiometry, mediated by the adaptation of protein turnover rates. By associating quantitative proteotype and phenotype measurements we identified protein patterns that explained the varying response of the different cell lines to Salmonella infection. Altogether the results indicate a striking degree of genomic variability, the rapid evolution of genomic variability in culture and its complex translation into distinctive expressed molecular and phenotypic patterns. The results have broad implications for the interpretation and reproducibility of research results obtained from HeLa cells and provide important basis for a general discussion of the value and requirements for communicating research results obtained from human tissue culture cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».