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Enregistrement W2799455659 · doi:10.1177/2472555218773045

Application of Integrated Drug Screening/Kinome Analysis to Identify Inhibitors of Gemcitabine-Resistant Pancreatic Cancer Cell Growth

2018· article· en· W2799455659 sur OpenAlexaff
Linas J. Krulikas, Ian M. McDonald, Benjamin Lee, Denis O. Okumu, Michael P. East, Thomas S.K. Gilbert, Laura E. Herring, Brian T. Golitz, Carrow I. Wells, Alison D. Axtman, William J. Zuercher, Timothy M. Willson, Dmitri Kireev, Jen Jen Yeh, Gary L. Johnson, Antonio T. Baines, Lee M. Graves

Notice bibliographique

RevueSLAS DISCOVERY · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePancreatic and Hepatic Oncology Research
Établissements canadiensStructural Genomics Consortium
Organismes subventionnairesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Cancer InstituteNational Institute of Mental HealthTriangle Comparative and Evolutionary Medicine Center, Duke UniversityNational Institutes of Health
Mots-clésKinomeCyclin-dependent kinaseKinaseGemcitabineBiologyCDK inhibitorPancreatic cancerCell growthCancer researchGrowth inhibitionCyclin-dependent kinase 2Cell cycleCell biologyCancerCellBiochemistryProtein kinase AGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Continuous exposure of a pancreatic cancer cell line MIA PaCa-2 (Mia S ) to gemcitabine resulted in the formation of a gemcitabine-resistant subline (Mia R ). In an effort to discover kinase inhibitors that inhibited Mia R growth, Mia R cells were exposed to kinase inhibitors (PKIS-1 library) in a 384-well screening format. Three compounds (UNC10112721A, UNC10112652A, and UNC10112793A) were identified that inhibited the growth of Mia R cells by more than 50% (at 50 nM). Two compounds (UNC10112721A and UNC10112652A) were classified as cyclin-dependent kinase (CDK) inhibitors, whereas UNC10112793A was reported to be a PLK inhibitor. Dose–response experiments supported the efficacy of these compounds to inhibit growth and increase apoptosis in 2D cultures of these cells. However, only UNC10112721A significantly inhibited the growth of 3D spheroids composed of Mia R cells and GFP-tagged cancer-associated fibroblasts. Multiplexed inhibitor bead (MIB)–mass spectrometry (MS) kinome competition experiments identified CDK9, CLK1-4, DYRK1A, and CSNK1 as major kinase targets for UNC10112721A in Mia R cells. Another CDK9 inhibitor (CDK-IN-2) replicated the growth inhibitory effects of UNC10112721A, whereas inhibitors against the CLK, DYRK, or CSNK1 kinases had no effect. In summary, these studies describe a coordinated approach to discover novel kinase inhibitors, evaluate their efficacy in 3D models, and define their specificity against the kinome.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,339
Écart entre enseignants0,323 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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