Abstract A13: Genome-wide transcriptional analysis of HDAC inhibition-induced apoptosis in synovial sarcoma
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Introduction: Conventional cytotoxic therapies for synovial sarcoma provide limited benefit, and no drugs specifically targeting its driving SS18-SSX fusion oncoprotein are currently available. HDAC inhibition has been shown in previous studies to disrupt the driving complex implicated in synovial sarcoma, resulting in apoptosis induction. Methods: Transcriptome analysis was undertaken in a panel of six human synovial sarcoma cell lines in order to uncover potential mechanisms of cell death following HDAC inhibition. By comparison studies with five additional publicly available related expression datasets, common class effects resulting from HDAC inhibition were investigated. Five human synovial sarcoma tumor samples were profiled by RNA-seq for comparison. A mouse model of synovial sarcoma was treated by HDAC inhibition and tumors were profiled for apoptotic markers. Results: Cell cycle arrest, differentiation, and response to oxygen-containing species and cell death were common biologic responses among the panel of post-HDAC inhibitor expression studies. Specific to synovial sarcoma, reactivation of repressed tumor suppressor CDKN2A and induction of proapoptotic transcriptional patterns results in apoptosis and decreased tumor burden in vivo. Conclusion: HDAC inhibition impedes SS18-SSX-mediated transcriptional deregulation, allowing for reactivation of normal cell cycle regulatory and apoptotic pathways. This study provides mechanistic support for a particular susceptibility of synovial sarcoma to HDAC inhibition as a means of potential clinical treatment. Citation Format: Aimee N. Laporte, Neal M. Poulin, Alireza Lorzadeh, Xiu Qing Wang, Ryan Vander werff, Jared J. Barrott, Michelle Moska, Christopher Hughes, Gregg Morin, Kevin B. Jones, Martin Hirst, T. Michael Underhill, Torsten O. Nielsen. Genome-wide transcriptional analysis of HDAC inhibition-induced apoptosis in synovial sarcoma [abstract]. In: Proceedings of the AACR Conference on Advances in Sarcomas: From Basic Science to Clinical Translation; May 16-19, 2017; Philadelphia, PA. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2018;24(2_Suppl):Abstract nr A13.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,009 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».