Primer Design Using Polymerase Chain Reaction for SNPs Analysis in SLC22A1 rs622342 Encoding OCT1 as Metformin Main Transporter
Notice bibliographique
Résumé
Organic Cation Transporter 1 (OCT1) is the primary transporter of metformin mainly located in hepatocytes, which plays an important role in metformin action to inhibit gluconeogenesis so as to reduce blood glucose. Genetic polymorphism of SLC22A1 that encodes OCT1, one of which is rs622342, has been widely reported and proven to decrease the antidiabetic effect of metformin. This study aimed to design primers and to obtain an optimum condition for polymerase chain reaction (PCR) process that can detect the genetic polymorphism of SLC22A1 rs622342. Primers were computationally designed in primer 3 webpage and analyzed with Primer BLAST and Oligo Analyzer. Optimization of PCR condition was conducted for temperatures of denaturation, annealing, and elongation as well as for the number of cycles in PCR process. Sensitivity test was performed on PCR condition using a variety of volumes and DNA template qualities undergoing multiple freeze-thaw cycles. The obtained pair, forward primer (5’- CAG AGA GAA TCA GTG AGC TGT G-3’) and reverse primer (5’- CCC AGG CTG GTC TTT TTA AG-3’), was proven to be capable of amplifying DNA sequence containing SNPs in rs622342 at 96°C denaturation, 60°C annealing, and 72°C elongation temperatures with a 30-cycle iteration. Such PCR condition could amplify DNA with 0.2 µL of template volume and 7 freeze-thaw cycles. Therefore, in addition to the selected primer pairs and PCR condition to analyze SNPs in rs622342, this study also recommends that the volume of DNA template having undergone multiple freeze-thawing be increased if the amplicon PCR products are unqualified.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,007 | 0,009 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,005 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,006 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,002 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,006 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,030 | 0,017 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».