The effect of different divalent cations on the kinetics and fidelity of <em>Bacillus stearothermophilus</em> DNA polymerase
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Although Mg<sup>2+</sup> is the metal ion that functions as the cofactor for DNA polymerases (DNA pols) <em>in vivo</em>, Mn<sup>2+</sup> can also serve in this capacity but it reduces base discrimination. Metal ions aside from Mg<sup>2+</sup> or Mn<sup>2+</sup> can act as cofactors for some DNA pols but not for others. Here we report on the ability of several divalent metal ions to substitute for Mg<sup>2+</sup> or Mn<sup>2+</sup> with BST DNA polymerase (BST pol), an A family DNA pol. We selected the metal ions based on whether they had previously been shown to be effective with other DNA pols. We found that Co<sup>2+</sup> and Cd<sup>2+</sup> were the only cations tested that could replace Mg<sup>2+</sup> or Mn<sup>2+</sup>. When Co<sup>2+</sup> was substituted for Mg<sup>2+</sup>, the incorporation efficiency for correct dNTPs increased 6-fold but for incorrect dNTPs there was a decrease which depended on the incoming dNTP. With Mn<sup>2+</sup>, base selectivity was impaired compared to Co<sup>2+</sup> and Cd<sup>2+</sup>. In addition, Co<sup>2+</sup> and Mn<sup>2+</sup> helped BST pol to catalyze primer-extension past a mismatch. Finally both Co<sup>2+</sup> and Mn<sup>2+</sup> enhanced ground-state binding of both correct and incorrect dNTPs to BST pol: Dideoxy terminated primer-template complexes.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle