Global diversity and distribution of close relatives of apicomplexan parasites
Notice bibliographique
Résumé
Apicomplexans are a group of obligate intracellular parasites, but their retention of a relict non-photosynthetic plastid reveals that they evolved from free-living photosynthetic ancestors. The closest relatives of apicomplexans include photosynthetic chromerid algae (e.g., Chromera and Vitrella), non-photosynthetic colpodellid predators (e.g., Colpodella) and several environmental clades collectively called Apicomplexan-Related Lineages (ARLs). Here we investigate the global distribution and inferred ecology of the ARLs by expansively searching for apicomplexan-related plastid small ribosomal subunit (SSU) genes in large-scale high-throughput bacterial amplicon surveys. Searching more than 220 million sequences from 224 geographical sites worldwide revealed 94 324 ARL plastid SSU sequences. Meta-analyses confirm that all ARLs are coral reef associated and not to marine environments generally, but only a subset is actually associated with coral itself. Most unexpectedly, Chromera was found exclusively in coral biogenous sediments, and not within coral tissue, indicating that it is not a coral symbiont, as typically thought. In contrast, ARL-V is the most diverse, geographically widespread and abundant of all ARL clades and is strictly associated with coral tissue and mucus. ARL-V was found in 19 coral species in reefs, including azooxanthellate corals at depths greater than 500 m. We suggest this is indicative of a parasitic or commensal relationship, and not of photosynthetic symbiosis, further underscoring the importance of isolating ARL-V and determining its relationship with the coral host.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».