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Enregistrement W2801007324 · doi:10.1161/circgen.117.002037

Common and Rare Coding Genetic Variation Underlying the Electrocardiographic PR Interval

2018· review· en· W2801007324 sur OpenAlexfundno aff
Honghuang Lin, Jessica van Setten, Albert V. Smith, Nathan A. Bihlmeyer, Helen R. Warren, Jennifer A. Brody, Farid Radmanesh, Leanne M. Hall, Niels Grarup, Martina Müller‐Nurasyid, Thibaud Boutin, Niek Verweij, Henry J. Lin, Ruifang Li‐Gao, Marten E. van den Berg, Jonathan Marten, Stefan Weiß, Bram P. Prins, Jeffrey Haessler, Leo‐Pekka Lyytikäinen, Hao Mei, Tamara B. Harris, Lenore J. Launer, Man Li, Álvaro Alonso, Elsayed Z. Soliman, John Connell, Paul L. Huang, Lu‐Chen Weng, Heather Jameson, William J. Hucker, Alan Hanley, Nathan R. Tucker, Yii-Der Ida Chen, Joshua C. Bis, Kenneth Rice, Colleen M. Sitlani, Jan A. Kors, Zhijun Xie, Chengping Wen, Jared W. Magnani, Christopher P. Nelson, Jørgen K. Kanters, Moritz F. Sinner, Konstantin Strauch, Annette Peters, Mélanie Waldenberger, Thomas Meitinger, Jette Bork‐Jensen, Oluf Pedersen, Allan Linneberg, Igor Rudan, Rudolf A. de Boer, Peter van der Meer, Jie Yao, Xiuqing Guo, Kent D. Taylor, Nona Sotoodehnia, Jerome I. Rotter, Dennis O. Mook‐Kanamori, Stella Trompet, Fernando Rivadeneira, André G. Uitterlinden, Mark Eijgelsheim, Sandosh Padmanabhan, Blair H. Smith, Henry Völzke, Stephan B. Felix, Georg Homuth, Uwe Völker, Massimo Mangino, Timothy D. Spector, Michiel L. Bots, Marco Perez, Mika Kähönen, Olli T. Raitakari, Vilmundur Guðnason, Dan E. Arking, Patricia B. Munroe, Bruce M. Psaty, Cornelia M. van Duijn, Emelia J. Benjamin, Jonathan Rosand, Nilesh J. Samani, Torben Hansen, Stefan Kääb, Ozren Polašek, Pim van der Harst, Susan R. Heckbert, J. Wouter Jukema, Bruno H. Stricker, Caroline Hayward, Marcus Dörr, Yalda Jamshidi, Folkert W. Asselbergs, Charles Kooperberg, Terho Lehtimäki, James Wilson, Patrick T. Ellinor, Steven A. Lubitz, Aaron Isaacs

Notice bibliographique

RevueCirculation Genomic and Precision Medicine · 2018
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCardiac electrophysiology and arrhythmias
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Institute of General Medical SciencesNational Heart, Lung, and Blood InstituteCARIM School for Cardiovascular Diseases, Universiteit MaastrichtWake Forest School of MedicineNational Institutes of HealthSchool of Medicine, Stanford UniversityHjartaverndTurun Yliopistollinen KeskussairaalaNovo Nordisk Foundation Center for Basic Metabolic ResearchTaysTurun YliopistoHáskóli ÍslandsUniversitair Medisch Centrum GroningenNational Center for Advancing Translational SciencesMedical Research CouncilLeids Universitair Medisch CentrumTechnische Universität MünchenTampereen YliopistoUniversiteit LeidenUniversity of GlasgowKing's College LondonFaculty of Health and Medical Sciences, University of Western AustraliaRijksuniversiteit GroningenUniversity of LeicesterUniversity of DundeeKaiser Permanente Washington Health Research InstituteNetherlands Heart InstituteDeutsches Zentrum für Herz-KreislaufforschungBroad InstituteBritish Heart FoundationUniversity of PittsburghUniversiteit MaastrichtRigshospitaletUniversity of WashingtonJohns Hopkins UniversitySchool of Medicine, Boston UniversityUniversity College LondonEmory UniversityKaiser PermanenteLudwig-Maximilians-Universität MünchenNational Institute for Health and Care ResearchQueen Mary University of LondonRegion HovedstadenNovo NordiskMassachusetts General Hospital
Mots-clésVariation (astronomy)Coding (social sciences)Interval (graph theory)Genetic variationStatisticsMathematicsBiologyGeneticsCombinatoricsPhysics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Background: Electrical conduction from the cardiac sinoatrial node to the ventricles is critical for normal heart function. Genome-wide association studies have identified more than a dozen common genetic loci that are associated with PR interval. However, it is unclear whether rare and low-frequency variants also contribute to PR interval heritability. Methods: We performed large-scale meta-analyses of the PR interval that included 83 367 participants of European ancestry and 9436 of African ancestry. We examined both common and rare variants associated with the PR interval. Results: We identified 31 genetic loci that were significantly associated with PR interval after Bonferroni correction ( P <1.2×10 −6 ), including 11 novel loci that have not been reported previously. Many of these loci are involved in heart morphogenesis. In gene-based analysis, we found that multiple rare variants at MYH6 ( P =5.9×10 −11 ) and SCN5A ( P =1.1×10 −7 ) were associated with PR interval. SCN5A locus also was implicated in the common variant analysis, whereas MYH6 was a novel locus. Conclusions: We identified common variants at 11 novel loci and rare variants within 2 gene regions that were significantly associated with PR interval. Our findings provide novel insights to the current understanding of atrioventricular conduction, which is critical for cardiac activity and an important determinant of health.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,002
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Revue systématique · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,002
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0000,001
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,054
Tête enseignante GPT0,332
Écart entre enseignants0,278 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeRevue systématique
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations22
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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