Utilization of Nucleic Acid Amplification Testing Samples for Antimicrobial Resistance Surveillance in Remote Canadian Communities
Notice bibliographique
Résumé
Dear Editor: We have read the article by Thakur et al.1 with great interest. We agree with their general statement that Neisseria gonorrhoeae diagnosis continues to expand to non–culture-based methods directly from clinical specimens. There is a need to use remnants of existing nucleic acid amplification testing (NAAT) samples generated from frontline laboratories for N. gonorrhoeae to predict antimicrobial resistance and generate a molecular type to track the dissemination of strains for surveillance and public health response. To this end, the Public Health Agency of Canada has developed real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) assays to predict the presence of antimicrobial resistance markers and PCR sequence analysis to generate an Neisseria gonorrhoeae multi-antigen sequence typing (NG-MAST) directly from NAAT specimens. Specifically, we have developed RT-PCR assays to detect mutations associated with ciprofloxacin and cephalosporin resistance directly from residual NAAT specimens with high degrees of sensitivity and specificity when compared with culture.2,3 In addition, we have adopted an existing RT-PCR protocol for the detection of azithromycin-resistant mutations.4 Finally, we have validated these methods along with the molecular typing of NG-MAST from NAAT specimens with matched clinical isolates using traditional antimicrobial resistance and NG-MAST testing of the clinical isolate.5 In remote northern parts of Canada, it is very difficult to obtain specimens that have viable N. gonorrhoeae due to cold temperatures and the time it takes to transport a specimen to a laboratory with the expertise to culture an isolate. We are using our RT-PCR assays and NG-MAST typing assay to establish molecular antimicrobial resistance surveillance in remote northern communities. We believe that this is the first step in using molecular methods to predict and type N. gonorrhoeae for antimicrobial resistance surveillance and public health interventions. The NG-MAST typing data will also aid in identifying transmission patterns, which will hopefully lead to interventions to limit the dissemination of N. gonorrhoeae in these remote communities. In conclusion, we believe that the molecular detection of antimicrobial resistance genes and the typing of N. gonorrhoeae directly from NAATs will expand the availability of the much-needed information to remote communities where culture is not possible. Finally, we continue to explore methods to generate whole-genome sequence data from either NAAT or urine specimens. We believe that this is the future of the technology as our recent collaborations have shown that the use of whole-genome sequence can accurately predict not only susceptible/intermediate/resistant interpretations but also minimum inhibitory concentrations for specific antimicrobials.6 Michael R. MulveyIrene Martin Public Health Agency of Canada Winnipeg, Manitoba Canada [email protected]Tom Wong First Nations and Inuit Health Branch Ottawa, Ontario Canada
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».