A31 Molecular characterization of circulating human noroviruses in Canada to assess RT-qPCR assays used for the detection of foodborne noroviruses
Notice bibliographique
Résumé
Noroviruses (NoV) have been identified as the main cause of acute gastroenteritis in humans of all ages and as the main etiologic agent of foodborne illnesses worldwide. Since human NoV are difficult to grow in vitro, and that alternative diagnostic methods such as electron microscopy and serology lack sensitivity, modern detection methods rely on molecular approaches such as Reverse Transcription qPCR (RT-qPCR). However, the continuous emergence of new NoV strains, coupled with the genetic diversity between and within genotypes and the potential for recombination, represent continuous and significant challenges to clinical and food diagnostic laboratories. In this study, we investigated 215 outbreak-related NoV isolates collected between 2010 and 2016 by the Quebec provincial public health laboratory (Laboratoire de santé publique du Québec). An ∼2.4-kb-long amplicon, encompassing the 3′-end of ORF1, polymerase gene, and the complete VP1 gene, was characterized using Next-Generation Sequencing. Paired-end dual-indexed sequencing runs of 2×75 cycles were conducted on pooled libraries on Illumina’s MiSeq Instrument and paired reads were assembled de novo into a single contig. Firstly, both the 3′-end of ORF1 and VP1 sequences derived from the contig were genotyped and subtyped by phylogenetic analysis. Typing revealed that multiple NoV genotypes were in circulation between 2010 and 2016, but NoV genotype GII.4 was responsible for most of the gastroenteritis outbreaks. Moreover, genotyping of ORF1 and VP1 did not always match suggesting recombinant noroviruses. Secondly, binding affinity between all the characterized NoV isolates and the primers or probes was assessed in silico. The analysis demonstrated that mismatches in the Taqman probe-binding sites were associated with certain genotypes: GI.P3_GI.3a, GI.P9_GI.9, GI.Pa_GI.3 b, GII.P7_GII.6, and GII.P17_GII.17. The NoV GII Taqman probe was modified accordingly and tested against the original probe using a panel of twelve representative samples. A single mismatch in the NoV GII Taqman probe impeded detection: concurrent testing demonstrated a discrepancy between the CT values. Improved understanding of the genetic diversity of circulating noroviruses is important to develop molecular assays with appropriate inclusivity and exclusivity panels during analytical sensitivity evaluations in food virology laboratories.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».