Resolving the psyllid tree of life: phylogenomic analyses of the superfamily Psylloidea (Hemiptera)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Understanding evolutionary relationships in the superfamily Psylloidea is challenging due to the lack of clear morphological synapomorphies for many groups. Some families and many of the genera, including the two largest, Cacopsylla Ossiannilsson and Trioza Foerster, have long been acknowledged as nonmonophyletic and the circumscription of natural groups has remained fluid. We present the best phylogenetic hypothesis to date for Psylloidea and provide a working systematic framework to better reflect evolutionary relationships. A shotgun sequencing approach using mixed pool DNAs for more than 400 species resulted in recovery from de novo assemblies of near‐complete mitogenomes (≥10 kb) for 359 species, and partial genomes (5–10 kb) for an additional 40 species. The resulting phylogeny improves and clarifies the family classification and resolves some of the longstanding uncertainties in relationships within and between genera. A whole‐nuclear‐genome scan approach (yielding data from an estimated 373 nuclear genes) using the anchored hybrid enrichment method for a representative subset of taxa confirms the placement of major groupings and overall tree topology recovered with the mitochondrial data. The data generated represent a major increase in molecular resources for this superfamily. In addition, we highlight areas of remaining uncertainty that require further sampling and/or additional sources of data. The phylogeny provides new insights for both evolutionary and applied research, and a backbone constraint tree allows the placement of taxa of particular interest or concern (e.g. pest taxa) with only small fragments of sequence available (e.g. DNA barcodes).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».