Genome sequence of Mycobacterium yongonense RT 955-2015 isolate from a patient misdiagnosed with multidrug-resistant tuberculosis: First clinical detection in Tanzania
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Mycobacterium yongonense is a recently described novel species belonging to Mycobacterium avium complex, which is the most prevalent aetiology of non-tuberculous mycobacteria associated with pulmonary infections, and poses tuberculosis diagnostic challenges in high-burden, resource-constrained settings. METHODS: Whole genome shotgun sequencing and comparative microbial genomic analyses were used to characterize the isolate from a patient diagnosed with multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) after relapse. RESULTS: The genome sequence of the first case of M. yongonense (M. yongonense RT 955-2015) in Tanzania is presented. Sequence analysis revealed that the RT 955-2015 strain had a high similarity to M. yongonense 05-1390(T) (98.74%) and Mycobacterium chimaera DSM 44623(T) (98%). Its 16S rRNA showed similarity to Mycobacterium paraintracellulare KCTC 290849(T) (100%), Mycobacterium intracellulare ATCC 13950(T) (100%), M. chimaera DSM 44623(T) (99.9%), and M. yongonense 05-1390(T) (98%). The strain exhibited a substantially different rpoB sequence to that of M. yongonense 05-1390 (95.16%), but closely related to that of M. chimaera DSM 44623(T) (99.86%), M. intracellulare ATCC 13950(T), (99.53%), and M. paraintracellulare KCTC 290849(T) (99.53%). CONCLUSIONS: In light of the OrthoANI algorithm and phylogenetic analysis, it was concluded that the isolate was M. yongonense Type II genotype, which is an indication that the patient was misdiagnosed with TB/MDR-TB and received inappropriate treatment.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».