Antibody microarray and immunoblotting analyses of the EGF signaling phosphorylation network in human A431 epidermoid carcinoma cells
Notice bibliographique
Résumé
Post-homogenization instability of phosphorylation sites in proteins, and the insensitivity and high costs of most proteomics analytical methods have been major barriers in tracking cell signalling networks in minute specimens of cells and tissues.While antibody microarrays have been promising tools for quantifying changes in protein expression and phosphorylation, the interpretation of findings from their applications have been complicated by issues of protein-protein interactions and cross-reactivity with off-target proteins.We used the human A431 cervical carcinoma cell line that over-expresses the epidermal growth factor (EGF) receptor to investigate its signal transduction mechanisms.Chemical cleavage of proteins at cysteine residues at the time of homogenizing the A431 cells permitted preservation of the autophosphorylation of this receptor in response to brief stimulation of these cells with EGF and revealed many downstream signalling events.Most of the EGF-induced changes in protein phosphorylation observed with the antibody microarray were validated by Western blotting with the intended targets, although many of these also false positives that arose from cross-reactivity with the EGF receptor itself.Some false-negatives from blocked epitopes may have stemmed from interactions with SH2 domain-containing adapter proteins that were resistant to chemical cleavage and internal interactions of flanking arginine and lysine residues with phosphosites.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».