Formalin fixation increases deamination mutation signature but should not lead to false positive mutations in clinical practice
Notice bibliographique
Résumé
Genomic analysis of cancer tissues is an essential aspect of personalized oncology treatment. Though it has been suggested that formalin fixation of patient tissues may be suboptimal for molecular studies, this tissue processing approach remains the industry standard. Therefore clinical molecular laboratories must be able to work with formalin fixed, paraffin embedded (FFPE) material. This study examines the effects of pre-analytic variables introduced by routine pathology processing on specimens used for clinical reports produced by next-generation sequencing technology. Tissue resected from three colorectal cancer patients was subjected to 2, 15, 24, and 48 hour fixation times in neutral buffered formalin. DNA was extracted from all tissues twice, once with uracil-N-glycosylase (UNG) treatment to counter deamination effects, and once without. Of note, deamination events at methylated cytosine, as found at CpG sites, remains unaffected by UNG. After extraction a two-step PCR targeted sequencing method was performed using the Illumina MiSeq and the data was analyzed via a custom-built bioinformatics pipeline, including filtration of reads with mapping quality <30. A larger baseline group of samples (n = 20) was examined to establish if there was a sample performance difference between the two DNA extraction methods, with/without UNG treatment. There was no statistical difference between sequencing performance of the two extraction methods when comparing read counts (raw, mapped, and filtered) and read quality (% mapped, % filtered). Analyzing mutation type, there was no significant difference between mutation calls until the 48 hour fixation treatment. At 48 hours there is a significant increase in C/G->T/A mutations that is not represented in DNA treated with UNG. This suggests these errors may be due to deamination events triggered by a longer fixation time. However the allelic frequency of these events remained below the limit of detection for reportable mutations in this assay (<2%). We do however recommend that suspected intratumoral heterogeneity events be verified by re-sequencing the same FFPE block.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».