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Enregistrement W2802693169 · doi:10.1016/j.jid.2018.04.025

Inherited Genetic Variants Associated with Melanoma BRAF/NRAS Subtypes

2018· article· en· W2802693169 sur OpenAlexaff
Nancy E. Thomas, Sharon N. Edmiston, Irene Orlow, Peter A. Kanetsky, Li Luo, David C. Gibbs, Eloise Parrish, Honglin Hao, Klaus J. Busam, Bruce K. Armstrong, Anne Kricker, Anne Ε. Cust, Stephen B. Gruber, Roberto Zanetti, Lidia Sacchetto, David W. Ollila, Colin B. Begg, Kathleen Conway, Marianne Berwick, Pampa Roy, Anne S. Reiner, Siok Leong, Sergio Corrales Guerrero, Keimya Sadeghi, Tawny W. Boyce, Alison Venn, Paul Tucker, Loraine D. Marrett, Lynn From, Shu‐Chen Huang, Pamela A. Groben, Honglin Hao, Jill S. Frank, Timothy R. Rebbeck, Julia Lee Taylor, S. Madronich

Notice bibliographique

RevueJournal of Investigative Dermatology · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMelanoma and MAPK Pathways
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute of Environmental Health SciencesNational Institute of General Medical SciencesNational Cancer Institute
Mots-clésNeuroblastoma RAS viral oncogene homologMelanomaPenetranceSingle-nucleotide polymorphismGenotypeOdds ratioV600EGeneticsCancer researchBiologyMedicineOncologyPhenotypeMutationGeneInternal medicine

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BRAF and NRAS mutations arise early in melanoma development, but their associations with low-penetrance melanoma susceptibility loci remain unknown. In the Genes, Environment and Melanoma Study, 1,223 European-origin participants had their incident invasive primary melanomas screened for BRAF / NRAS mutations and germline DNA genotyped for 47 single-nucleotide polymorphisms identified as low-penetrant melanoma-risk variants. We used multinomial logistic regression to simultaneously examine each single-nucleotide polymorphism's relationship to BRAF V600E, BRAF V600K, BRAF other, and NRAS + relative to BRAF–/NRAS– melanoma adjusted for study features. IRF4 rs12203592*T was associated with BRAF V600E (odds ratio [OR] = 0.59, 95% confidence interval [CI] = 0.43–0.79) and V600K (OR = 0.65, 95% CI = 0.41–1.03), but not BRAF other or NRAS+ melanoma. A global test of etiologic heterogeneity ( P global = 0.001) passed false discovery ( P global = 0.0026). PLA2G6 rs132985*T was associated with BRAF V600E (OR = 1.32, 95% CI = 1.05–1.67) and BRAF other (OR = 1.82, 95% CI = 1.11–2.98), but not BRAF V600K or NRAS+ melanoma. The test for etiologic heterogeneity ( P global ) was 0.005. The IRF4 rs12203592 associations were slightly attenuated after adjustment for melanoma-risk phenotypes. The PLA2G6 rs132985 associations were independent of phenotypes. IRF4 and PLA2G6 inherited genotypes may influence melanoma BRAF/NRAS subtype development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,003
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,033
Score d'incertitude au seuil0,110

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,003
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,002
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0010,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0330,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,231
Écart entre enseignants0,215 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations11
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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