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Enregistrement W2803114969 · doi:10.1101/331009

Heavy metal sensitivities of gene deletion strains for <i>ITT1</i> and <i>RPS1A</i> connect their activities to the expression of <i>URE2</i> , a key gene involved in metal detoxification in yeast

2018· preprint· en· W2803114969 sur OpenAlexaff
Houman Moteshareie, Maryam Hajikarimlou, Alex Mulet Indrayanti, Daniel Burnside, Ana Paula Dias, Clara Lettl, Duale Ahmed, Katayoun Omidi, Thomas David Daniel Kazmirchuk, Nathalie Puchacz, Narges Zare, Sarah Takallou, Thet Naing, Raúl Bonne Hernández, William G. Willmore, Mohan Babu, Bruce C. McKay, Bahram Samanfar, Martin Holčı́k

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2018
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueFungal and yeast genetics research
Établissements canadiensAgriculture and Agri-Food CanadaUniversity of ReginaCarleton University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGeneSaccharomyces cerevisiaeYeastBiologyGene expressionGeneticsGlutathione S-transferasePhenotypeGlutathioneBiochemistryMolecular biologyEnzyme

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Heavy metal and metalloid contaminations are among the most concerning types of pollutant in the environment. Consequently, it is important to investigate the molecular mechanisms of cellular responses and detoxification pathways for these compounds in living organisms. To date, a number of genes have been linked to the detoxification process. The expression of these genes can be controlled at both transcriptional and translational levels. In baker’s yeast, Saccharomyces cerevisiae , resistance to a wide range of toxic metals is regulated by glutathione S-transferases. Yeast URE2 encodes for a protein that has glutathione peroxidase activity and is homologous to mammalian glutathione S-transferases. The URE2 expression is critical to cell survival under heavy metal stress. Here, we report on the finding of two genes, ITT1 , an inhibitor of translation termination, and RPS1A , a small ribosomal protein, that when deleted yeast cells exhibit similar metal sensitivity phenotypes to gene deletion strain for URE2 . Neither of these genes were previously linked to metal toxicity. Our gene expression analysis illustrates that these two genes affect URE2 mRNA expression at the level of translation. Summary statement We identified two yeast genes, ITT1 and RPS1A , that when deleted, results in yeast cells sensitivity to heavy metals and metalloids. Further investigation indicated that they influence the expression of URE2 gene, a key player in metal detoxification, by upregulating its translation. Our findings suggest that ITT1 and RPS1A play an indirect role in responding to toxic metal stress.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,019
Tête enseignante GPT0,238
Écart entre enseignants0,219 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations5
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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