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Enregistrement W2803144007 · doi:10.1016/j.neuroimage.2018.05.051

Integrating spatial-anatomical regularization and structure sparsity into SVM: Improving interpretation of Alzheimer's disease classification

2018· article· en· W2803144007 sur OpenAlexfundno aff
Zhuo Sun, Yuchuan Qiao, Boudewijn P. F. Lelieveldt, Marius Staring

Notice bibliographique

RevueNeuroImage · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueDementia and Cognitive Impairment Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesNational Institute on AgingNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringCanadian Institutes of Health ResearchNorthern California Institute for Research and EducationSeventh Framework ProgrammeNational Institutes of HealthGenentechIXICOH. Lundbeck A/SServierEisaiUniversity of California, San DiegoDoD Alzheimer's Disease Neuroimaging InitiativePfizerBiogenBioClinicaF. Hoffmann-La RocheUniversity of Southern CaliforniaEuropean CommissionEli Lilly and CompanyU.S. Department of DefenseMeso Scale DiagnosticsAlzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeNovartis Pharmaceuticals CorporationBristol-Myers SquibbAlzheimer's AssociationFoundation for the National Institutes of Health
Mots-clésSupport vector machineArtificial intelligenceGeneralizability theoryPattern recognition (psychology)Computer scienceNeuroimagingMachine learningRegularization (linguistics)RegressionLasso (programming language)Alzheimer's Disease Neuroimaging InitiativeCognitionCognitive impairmentPsychologyMathematicsNeuroscienceStatistics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

In recent years, machine learning approaches have been successfully applied to the field of neuroimaging for classification and regression tasks. However, many approaches do not give an intuitive relation between the raw features and the diagnosis. Therefore, they are difficult for clinicians to interpret. Moreover, most approaches treat the features extracted from the brain (for example, voxelwise gray matter concentration maps from brain MRI) as independent variables and ignore their spatial and anatomical relations. In this paper, we present a new Support Vector Machine (SVM)-based learning method for the classification of Alzheimer's disease (AD), which integrates spatial-anatomical information. In this way, spatial-neighbor features in the same anatomical region are encouraged to have similar weights in the SVM model. Secondly, we introduce a group lasso penalty to induce structure sparsity, which may help clinicians to assess the key regions involved in the disease. For solving this learning problem, we use an accelerated proximal gradient descent approach. We tested our method on the subset of ADNI data selected by Cuingnet et al. (2011) for Alzheimer's disease classification, as well as on an independent larger dataset from ADNI. Good classification performance is obtained for distinguishing cognitive normals (CN) vs. AD, as well as on distinguishing between various sub-types (e.g. CN vs. Mild Cognitive Impairment). The model trained on Cuignet's dataset for AD vs. CN classification was directly used without re-training to the independent larger dataset. Good performance was achieved, demonstrating the generalizability of the proposed methods. For all experiments, the classification results are comparable or better than the state-of-the-art, while the weight map more clearly indicates the key regions related to Alzheimer's disease.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,670
Score d'incertitude au seuil0,364

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,017
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,286 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations76
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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