Novel flax orbitide derived from genetic deletion
Notice bibliographique
Résumé
Flaxseed orbitides are homodetic plant cyclic peptides arising from ribosomal synthesis and post-translation modification (N to C cyclization), and lacking cysteine double bonds (Nat Prod Rep 30:108-160, 2013). Screening for orbitide composition was conducted on the flax core collection (FCC) grown at both Saskatoon, Saskatchewan and Morden, Manitoba over three growing seasons (2009-2011). Two flax ( Linum usitatissimum L.) accessions ‘Hollandia’ (CN 98056) and ‘Z 11637’ (CN 98150) produce neither [1−9-N α C]-linusorb B2 ( 3 ) nor [1−9-N α C]-linusorb B3 ( 1 ). Mass spectrometry was used to identify novel compounds and elucidate their structure. NMR spectroscopy was used to corroborate structural information. Experimental findings indicated that these accessions produce a novel orbitide, identified in three oxidation states having quasimolecular ion peaks at m/z 1072.6 ( 18 ), 1088.6 ( 19 ), and 1104.6 ( 20 ) [M + H] + corresponding to molecular formulae C 57 H 86 N 9 O 9 S, C 57 H 86 N 9 O 10 S, and C 57 H 86 N 9 O 11 S, respectively. The structure of 19 was confirmed unequivocally as [1−9-N α C]- O LIPPFFLI. PCR amplification and sequencing of the gene coding for 18 , using primers developed for 3 and 1 , identified the putative linear precursor protein of 18 as being comprised of the first three amino acid residues of 3 (MLI), four conserved amino acid residues of 3 and/or 1 (PPFF), and the last two residues of 1 (LI). Comparison of gene sequencing data revealed that a 117 base pair deletion had occurred that resulted in truncation of both 3 and 1 to produce a sequence encoding for the novel orbitide precursor of 18 . This observation suggests that repeat units of flax orbitide genes are conserved and suggests a novel mechanism for evolution of orbitide gene diversity. Orbitides 19 and 20 contain MetO and MetO 2 , respectively, and are not directly encoded, but are products of post-translation modification of Met present in 18 ([1−9-N α C]-MLIPPFFLI).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».