Relative role(s) of leucine versus isoleucine in the folding of membrane proteins
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Large, hydrophobic residues (isoleucine, leucine, and valine) dominate sequences of transmembrane (TM) helices in membrane proteins (total ∼34%), but their relative roles in mediating the biologically relevant protein–lipid and protein–protein interactions have not been systematically evaluated. Here we have synthesized Leu‐containing Lys‐tagged hydrophobic peptides of identical composition, where sequences have been designed with their Leu residues either scrambled (sequence KKKLAASALAAAWLAALALSAAKKK); clustered (KKKAAASAALLLWLLAAAASAAKKK); or “lipopathic” (all Leu on one helical face) (KKKAAASLAALLWALLAAASAAKKK). These peptides were compared by several biophysical/biochemical techniques to the corresponding set of peptides where the Leu residues are replaced by the isosteric Ile residues. Circular dichroism spectra showed that all peptides were helical in POPC liposomes, as confirmed by blue shifts in Trp fluorescence spectra, notably with the Ile‐lipopathic peptide displaying increased Trp burial versus its Leu counterpart. Quenching experiments with a dibromo‐PC lipid indicated deeper membrane penetration of the Ile versus the Leu lipopathic peptide—a result supported by protease degradation assays where Ile peptides reconstituted into lipid bilayers were significantly more protected from the protease than the Leu peptides. Assessment of Trp blue shifts in the presence of lipid bilayers of varied lipid packing indicated that Leu/Ile peptide interactions are dependent on lipid composition. The overall results suggest that two main interactions tend to dominate Leu and Ile interactions within the membrane: (1) hydrophobic interactions between amino acid side chains and the surrounding lipid; and (2) degree of disruption of lipid–lipid packing. This “battle of giants” likely underlies the specific role(s) that Leu and Ile will play in the folding of a given membrane protein.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».