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Enregistrement W2803950888 · doi:10.1093/hmg/ddy195

Temporal and tissue-specific variability of SMN protein levels in mouse models of spinal muscular atrophy

2018· article· en· W2803950888 sur OpenAlexaff
Ewout J. N. Groen, Elena Perenthaler, Natalie L. Courtney, Crispin Y. Jordan, Hannah K. Shorrock, Dinja van der Hoorn, Yu-Ting Huang, Lyndsay M. Murray, Gabriella Viero, Thomas H. Gillingwater

Notice bibliographique

RevueHuman Molecular Genetics · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeurogenetic and Muscular Disorders Research
Établissements canadiensDiscovery Centre
Organismes subventionnairesWellcome TrustWellcome
Mots-clésBiologySpinal muscular atrophyAnatomyAtrophyPathologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Spinal muscular atrophy (SMA) is a progressive motor neuron disease caused by deleterious variants in SMN1 that lead to a marked decrease in survival motor neuron (SMN) protein expression. Humans have a second SMN gene (SMN2) that is almost identical to SMN1. However, due to alternative splicing the majority of SMN2 messenger ribonucleic acid (mRNA) is translated into a truncated, unstable protein that is quickly degraded. Because the presence of SMN2 provides a unique opportunity for therapy development in SMA patients, the mechanisms that regulate SMN2 splicing and mRNA expression have been elucidated in great detail. In contrast, how much SMN protein is produced at different developmental time points and in different tissues remains under-characterized. In this study, we addressed this issue by determining SMN protein expression levels at three developmental time points across six different mouse tissues and in two distinct mouse models of SMA ('severe' Taiwanese and 'intermediate' Smn2B/- mice). We found that, in healthy control mice, SMN protein expression was significantly influenced by both age and tissue type. When comparing mouse models of SMA, we found that, despite being transcribed from genetically different alleles, control SMN levels were relatively similar. In contrast, the degree of SMN depletion between tissues in SMA varied substantially over time and between the two models. These findings offer an explanation for the differential vulnerability of tissues and organs observed in SMA and further our understanding of the systemic and temporal requirements for SMN with direct relevance for developing effective therapies for SMA.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,051
Tête enseignante GPT0,326
Écart entre enseignants0,275 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations81
Publié2018
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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