Partial characterization of immunoglobulin Cµ gene of water buffalo (Bubalus bubalis) predicts distinct structural features of C1q-binding site in Cµ3 domain
Notice bibliographique
Résumé
The Partial characterization of immunoglobulin Cμ gene of water buffalo (Bubalus bubalis) has revealed unique features of the IgM isotype.Although, buffalo Cμ domain shares high amino acid sequence similarity with Cμ of cattle (94.28%) and sheep (91.71%), four distinct amino acid replacements (Met-301, Val-310, Asn-331 and Thr-432) spread across Cμ2, Cμ3 and Cμ4 diverge from those in cattle and sheep.As compared to cattle, buffalo Cμ gene has a codon deletion at position 507 (GTG encoding valine present in cattle) and insertion of GGC encodingglycine at position 532 in the Cμ4 domain.Unlike cattle and sheep, buffalo IgM has three potential N-linked glycosylation (Asn-X-Thr/Ser) sites, one at position 325-327 in the Cμ2 domain and two at positions 372-374 and 394-396 in the Cμ3 domain.Similar to cattle, buffalo IgM has fewer proline residues in Cμ2 domain that acts as hinge resulting in restricted flexibility of Fab arms.The increased structural flexibility in the C1q-binding site in Cμ3 may compensate for the rigid Cμ2 domain of buffalo IgM.The secondary structure of C1q binding site reveals its distinct features in buffalo and cattle IgM where a long alphahelical structure is predominant which seems to be relevant to complement fixation function.The conserved protein motif 'Thr-Cys-Thr-Val-Ala-His' provides protein signatures of C1q binding region across ruminant species.The distinct structural features of C1q binding site of buffalo IgM, closest to cattle, are likely to be of functional significance relevant to designing antibody based therapeutics and diagnostics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».