Genomic data reveals large similarities among Canadian and French maternal pig lines
Notice bibliographique
Résumé
Combining reference populations from different countries and breeds could be an affordable way to enlarge the size of the reference populations for genomic prediction of breeding values. Therefore, the main objectives of this study were to assess the genetic diversity within and between two Canadian and French pig breeds (Landrace and Yorkshire) and the genomic relatedness among populations to evaluate the feasibility of an across-country reference population for pig genomic selection. A total of 14 756 pigs were genotyped on two single nucleotide polymorphism (SNP) chip panels (∼65K SNPs). A principal component analysis clearly discriminated Landrace and Yorkshire breeds, and also, but to a lesser extent, the Canadian and French purebred pigs of each breed. Linkage disequilibrium (LD) between adjacent SNPs was similar within Yorkshire populations. However, levels of LD were slightly different for Landrace populations. The consistency of gametic phase was very high between Yorkshire populations (0.96 at 0.05 Mb) and high for Landrace (0.88 at 0.05 Mb). Based on consistency of gametic phase, Canadian and French pig maternal lines are genetically close to each other. These results are promising, as they indicate that the accuracy of estimated genomic breeding values may increase by combining reference populations from the two countries.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».