Dissecting Community Structure in Wild Blueberry Root and Soil Microbiome
Notice bibliographique
Résumé
A complex network of functions and symbiotic interactions between a eukaryotic host and its microbiome is a the foundation of the ecological unit holobiont. However, little is known about how the non-fungal eukaryotic microorganisms fit in this complex network of host-microbiome interactions. In this study, we employed a unique wild blueberry ecosystem to evaluate plant-associated microbiota, encompassing both eukaryotic and bacterial communities. We found that, while soil microbiome serves as a foundation for root microbiome, plant-influenced species sorting had stronger effect on eukaryotes than on bacteria. Our study identified several fungal and protist taxa, which are correlated with decreased fruit production in wild blueberry agricultural ecosystems. The specific effect of species sorting in root microbiome resulted in an increase in relative abundance of fungi adapted to plant-associated life-style, while the relative abundance of non-fungal eukaryotes was decreased along the soil-endosphere continuum in the root, probably because of low adaptation of these microorganisms to host-plant defense responses. Analysis of community correlation networks indicated that bacterial and eukaryotic interactions became more complex along the soil-endosphere continuum and, in addition to extensive mutualistic interactions, co-exclusion also played an important role in shaping wild blueberry associated microbiome. Our study identified several potential hub taxa with important roles in soil fertility and/or plant-microbe interaction, suggesting the key role of these taxa in the interconnection between soils and plant health and overall microbial community structure. This study also provides a comprehensive view of the role of non-fungal eukaryotes in soil ecosystem.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».