Evaluating the London Dispersion Coefficients of Protein Force Fields Using the Exchange-Hole Dipole Moment Model
Notice bibliographique
Résumé
London dispersion is one of the fundamental interactions involved in protein folding and dynamics. The popular CHARMM36, Amber ff14sb, and OPLS-AA force fields represent these interactions through the C6/r6 term of the Lennard-Jones potential, where the C6 parameters are assigned empirically. Here, dispersion coefficients of these three force fields are shown to be roughly 50% larger than values calculated using the quantum mechanically derived exchange-hole dipole moment (XDM) model. The CHARMM36 and Amber OL15 force fields for nucleic acids also exhibit this trend. The hydration energies of the side-chain models were calculated using REMD-TI for the CHARMM36, Amber ff14sb, and OPLS-AA force fields. These force fields predict side-chain hydration energies that are in generally good agreement with the experimental values, which suggests that the total strength of aqueous dispersion interactions is correct, despite C6 coefficients that are considerably larger than XDM predicts. An analytical expression for the dispersion hydration energy using XDM coefficients shows that higher-order dispersion terms (i.e., C8 and C10) account for roughly 37.5% of the hydration energy of methane. This suggests that the C6 dispersion coefficients used in contemporary force fields are elevated to account for the neglected higher-order terms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».