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Enregistrement W2806374024 · doi:10.1021/acs.biochem.8b00463

Charge Dispersion and Its Effects on the Reactivity of Thiamin-Derived Breslow Intermediates

2018· article· en· W2806374024 sur OpenAlexafffund
Michael Bielecki, Graeme W. Howe, Ronald Kluger

Notice bibliographique

RevueBiochemistry · 2018
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueBiochemical Acid Research Studies
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesNatural Sciences and Engineering Research Council of Canada
Mots-clésDecarboxylationCarbanionChemistryAdductStereochemistryReactivity (psychology)Organic chemistryCatalysis

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

from these adducts leads to reactive species that are known as Breslow intermediates. The protein-bound adducts of the 2-ketoacids and ThDP are several orders of magnitude more reactive than the synthetic analogues in solution. Studies of enzymes are consistent with formulation of protein-bound Breslow intermediates with localized carbanionic character at the reactive C2α position, reflecting the charge-stabilized transition state that leads to this form. Our study reveals that nonenzymic decarboxylation of the related thiamin adducts proceeds to the alternative charge-dispersed enol form of the Breslow intermediate. These differences suggest that the greatly enhanced rate of decarboxylation of the precursors to Breslow intermediates in enzymes arises from maintenance of the carbanionic character at the position from which the carboxyl group departs, avoiding charge dispersion by stabilizing electrostatic interactions with the protein as formulated by Warshel. Applying Guthrie's "no-barrier" addition to Marcus theory also leads to the conclusion that maintaining the tetrahedral carbanion at C2α of the resulting adduct minimizes associated kinetic barriers by avoiding rehybridization as part of steps to and from the intermediate. Finally, maintenance of the reactive energetic carbanion agrees with the concepts of Albery and Knowles as the outcome of evolved enzymic processes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,241 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations6
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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