The Application of Molecular Markers to Accelerate the Recovery of Cytoplasmic and Nuclear Male Sterility in South African Onion (Allium cepa L.) Hybrid Parental Lines
Notice bibliographique
Résumé
Male sterility is important to prevent self-pollination and loss of the onion hybrid genotype. Classic methods require 4-8 years of progeny testing before the cytoplasm type can be determined. An accurate and time-saving method was needed. Various types of markers were tested for application to South African onion parental lines of hybrid cultivars, and which could determine male sterility and maintainer genotypes accurately and easily with large numbers of samples. Five cytoplasmic (5’cob, orfA501, orf725, IGS and cob-type 2) and four nuclear markers (jnurf13, isotig34671_610, isotig30856_1351 and isotig29186_1830) were sourced. Genomic DNA was isolated from onion seedlings and young leaves growing from bulbs in the Agricultural Research Council (ARC) research field. PCR marker amplification products were separated by agarose or denaturing polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) gels. Real-time polymerase chain reaction (PCR) was performed with custom TaqMan® SNP genotyping assays containing primer/probe pairs designed to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs) linked to the nuclear Ms locus. OrfA501 proved useful as a presence/absence marker for cytoplasmic male sterility, while TaqMan® SNP genotyping assays were superior to the jnurf13 nuclear marker in terms of rapid throughput. PCR molecular markers and custom TaqMan® SNP genotyping assays were efficient in screening the onion lines rapidly and accurately for their cytoplasmic and nuclear male sterility genotype. These methods reduced the time to identify the correct genotype of male sterile and maintainer lines, gave accurate genotypic information and proved to be useful on a larger scale. These molecular marker methods will facilitate the production of the correct seed for commercialization of onion lines worldwide.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».