Detection and differentiation of <i>Vibrio parahaemolyticus</i> by multiplexed real-time PCR
Notice bibliographique
Résumé
Vibrio parahaemolyticus is a common and important pathogen that causes human gastroenteritis worldwide. A rapid, sensitive, and specific assay is urgently required for detection and differentiation of V. parahaemolyticus strains. We designed three sets of primers and probes using groEL and two virulence genes (tdh and trh) from V. parahaemolyticus, and developed a multiplex real-time PCR protocol. The sensitivity and specificity of the multiplex assay was evaluated by environmental and clinical specimens of V. parahaemolyticus. The multiplex PCR response system and annealing temperature were optimized. The detection limits of the multiplex real-time PCR were 10 4 and 10 5 CFU/mL (or CFU/g) in pure cultures and spiked oysters, respectively. The multiplex real-time PCR specifically detected and differentiated V. parahaemolyticus from 35 Vibrio strains and 11 other bacterial strains. Moreover, this method can detect and distinguish virulent from nonvirulent strains, with no cross-reactivity observed in the bacteria tested. This newly established multiplex real-time PCR assay offers rapid, specific, and reliable detection of the total and pathogenic V. parahaemolyticus strains, which is very useful during outbreaks and sporadic cases caused by V. parahaemolyticus infection.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».