Structural and compositional mismatch between captive and wild Atlantic salmon (<i>Salmo salar</i>) parrs’ gut microbiota highlights the relevance of integrating molecular ecology for management and conservation methods
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Stocking methods are used in the Province of Quebec to restore Salmo salar populations. However, Atlantic salmon stocked juveniles show higher mortality rates than wild ones when introduced into nature. Hatchery environment, which greatly differs from the natural environment, is identified as the main driver of the phenotypic mismatch between captive and wild parrs. The latter is also suspected to impact the gut microbiota composition, which can be associated with essential metabolic functions for their host. We hypothesized that hatchery‐raised parrs potentially recruit gut microbial communities that are different from those recruited in the wild. This study evaluated the impacts of artificial rearing on gut microbiota composition in 0+ parrs meant for stocking in two distinct Canadian rivers: Rimouski and Malbaie (Quebec, Canada). Striking differences between hatchery and wild‐born parrs’ gut microbiota suggest that microbiota could be another factor that could impact their survival in the targeted river, because the microbiome is narrowly related to host physiology. For instance, major commensals belonging to Enterobacteriaceae and Clostridiacea from wild parrs’ gut microbiota were substituted in captive parrs by lactic acid bacteria from the Lactobacillaceae family. Overall, captive parrs host a generalist bacterial community whereas wild parrs’ microbiota is much more specialized. This is the very first study demonstrating extensive impact of captive rearing on intestinal microbiota composition in Atlantic salmon intended for wild population stocking. Our results strongly suggest the need to implement microbial ecology concepts into conservation management of endangered salmon stocks supplemented with hatchery‐reared parrs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».