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Enregistrement W2806919199 · doi:10.1101/341933

Soluble CD93 is an Apoptotic Cell Opsonin Recognized by the α <sub>x</sub> β <sub>2</sub> Integrin

2018· preprint· en· W2806919199 sur OpenAlexafffund
Jack Blackburn, Darius H. C. Lau, Jessica Ellins, Angela Kipp, Emily N. Pawlak, Jimmy D. Dikeakos, Bryan Heit

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2018
Typepreprint
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiquePhagocytosis and Immune Regulation
Établissements canadiensWestern University
Organismes subventionnairesOntario Ministry of Research and InnovationCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésEfferocytosisPhagocytosisCell biologyApoptosisBiologyIntegrinCellMacrophageImmunologyBiochemistryIn vitro

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

A bstract Efferocytosis – the phagocytic removal of apoptotic cells – is essential for the maintenance of homeostasis and prevention of the inflammatory and autoimmune diseases which can follow the lysis of uncleared apoptotic cells. CD93 is a transmembrane glycoprotein previously implicated in efferocytosis and angiogenesis, and upon mutation, results in the onset of efferocytosis-associated diseases such as atherosclerosis and rheumatoid arthritis. CD93 is produced as a cell surface protein which is shed as soluble CD93, but it is unknown how CD93 mediates efferocytosis or whether its efferocytic activity is mediated by the soluble or membrane-bound form. Herein, we demonstrate that the membrane bound form of CD93 has no phagocytic, efferocytic, or tethering activity, whereas soluble CD93 potently opsonizes apoptotic cells but not a broad range of Gram-Negative, Gram-Positive or fungal microorganisms. Using mass spectrometry, we identified the α x β 2 integrin as the receptor required for soluble CD93-mediated efferocytosis, and via deletion mutagenesis determined that soluble CD93 binds to apoptotic cells via its C-Type Lectin-Like domain, and to α x β 2 by its EGF-like repeats. This bridging of apoptotic cells to the α x β 2 integrin markedly enhanced efferocytosis by macrophages, and could be abrogated by knockdown of α x β 2 integrin. Combined, these data elucidate the mechanism by which CD93 regulates efferocytosis and identify a previously unreported opsonin-receptor system utilized by the immune system for the efferocytic clearance of apoptotic cells.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,006

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0020,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,211
Écart entre enseignants0,197 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2018
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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