A PCR method to detect mating types of<i>Cochliobolus heterostrophus</i>
Notice bibliographique
Résumé
A rapid and sensitive polymerase chain reaction (PCR) method was established for detection of mating types of Cochliobolus heterostrophus, the causal agent of southern corn leaf blight (SCLB). Two pairs of mating type-specific primers (ChMAT01-1 for MAT1-1 and ChMAT02-1 for MAT1-2) were designed and tested on DNA extracted from pure cultures, conidial suspensions or naturally infected corn leaf samples with C. heterostrophus. The PCR-based method exhibited specificity in differentiating mating types of C. heterostrophus from the closely related species C. sativus, C. carbonum, C. lunata, C. eragrostidis and Cochliobolus sp., as well as 13 other fungal genera. Specifically, the method was capable of reliably detecting mating types of C. heterostrophus at 0.0001 ng DNA for MAT1-1 or 0.01 ng DNA for MAT1-2 from pure cultures or from 10 conidia or one lesion of C. heterostrophus on inoculated or infected corn leaf samples, even in the presence of as high as 20 ng corn genomic DNA. This PCR assay also successfully detected mating types of C. heterostrophus in naturally infected samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».